在对南京市市场销售的蔬菜进行抽样检测，调查了蔬菜受人畜粪便中粪大肠菌群污染状况的基础上，利用盆栽实验，研究了猪粪在不同施用方式及不同施用时间处理下，小白菜、萝卜和生菜等蔬菜表面和组织内部以及土壤中粪大肠菌群数量的变化；并在夏、冬两季，研究了自然放置条件下，新鲜猪粪、牛粪、鸡粪中粪大肠菌群数量变化，以及南京马肝土、淮安潮土和宜兴黄泥土施用新鲜牛粪后，粪大肠菌群数量变化；同时利用绿色荧光蛋白标记的大肠杆菌作为标记菌株，并随猪粪施入土壤，观察了其在蔬菜内部的定植情况；并且比较了多管发酵方法和平板计数方法检测大肠杆菌的差异，结论如下：鲜粪直接浇灌蔬菜，叶菜类蔬菜表面粪大肠杆菌污染严重，距离浇灌时间越短污染越严重；生食和仅简单烹饪的蔬菜，食用时其表面和内部仍可检测到粪大肠菌群，即使在沸水中处理也需达到一定时间，否则仍存在病原菌接触的风险。将未经处理的新鲜猪粪作基肥施用，白菜、生菜和萝卜表面和组织内部均受到来自粪肥中粪大肠菌群的污染，且对于可食部分位于土壤中的萝卜影响更大；施肥时间与蔬菜种植时间间隔的时间越短，对蔬菜的污染越严重；用鲜粪作为基肥，蔬菜根际和非根际土壤中粪大肠菌群数量明显提高，且随着时间的推移而逐渐下降；但在蔬菜收获时，根际和非根际土壤中粪大肠菌群数量最大值仍可达到4.4logCFU·g-1和3.4logCFU·g-1；粪肥浇灌追肥处理对蔬菜根际和非根际土壤中粪大肠菌群的数量影响较大，但不同追肥时间对同一蔬菜影响差异不明显；追肥处理对白菜和生菜外部粪大肠菌群数量影响显著，比对照组可高出2～3个数量级，例如，2w处理白菜外部2380个·g^-1，而对照仅25个·g^-1。但对于白菜、生菜和萝卜内部粪大肠菌群数量影响不明显，萝卜外部粪大肠菌群数量受追肥处理影响也不大。自然堆放条件下，冬季和夏季粪便和土壤中粪大肠菌群数量在放置期间均呈下降趋势，夏季畜禽粪便中粪大肠菌群数量下降速度较土壤中快；而冬季畜禽粪便和土壤中粪大肠菌群数量下降速度较夏季慢，冬季和夏季鸡粪和淮安土中粪大肠菌群数量下降速度最快。荧光显微镜观察的结果证实了标记菌株可以进入蔬菜植株体内，在白菜茎、生菜根以及萝卜茎内部都观察到了标记菌株。多管发酵法与平板计数方法在检测大肠杆菌数量方面没有明显差异，但平板计数方法更适用于测定含菌密度较大的样品。