科学技术是第一生产力，科学技术发展水平已经成为影响经济和社会发展的决定性因素。科技投入作为一种战略投资是科学技术发展水平提高的关键保障，而政府财政科技投入是科技投入的重要组成部分，对其它科技投入有着引导性和驱动性的作用。近年来，地方财政科技投入快速增长，为科技创新提供了重要而有力的保障，但这些投入用途和效果也成为社会公众越来越关注的问题，对地方财政科技投入的监管和绩效评价变得迫在眉睫。本文首先梳理了国内外现有文献，对支撑全文的基础理论从评价指标体系和评价方法进行了总结和阐释，从而为本文的后续写作提供了可供参考的研究思路，奠定了坚实的理论基石。其次，构建了一套地方财政科技投入绩效评价指标体系，包括基于项目层面的地方财政科技投入绩效评价指标体系和基于地区层面的地方财政科技投入绩效评价指标体系，前者分为基础研究类项目、应用研究类项目、试验发展类项目和研究与试验发展成果应用类项目四个子评价体系。最后，采用专家综合评价计算法和AHP-熵值法综合评价模型分别对某项重庆市科技项目和重庆市财政科技投入进行分析。通过对基于重庆市财政科技投入现状和绩效评价现状进行分析，得出以下结论：目前重庆市财政科技投入总量整体偏低，而且增速波动较大，财政科技投入结构失衡，尤其是基础研究投入欠缺，另外科技成果产出效率逐年降低、产出质量仍有上升空间，经济效益方面稳步提升，在全国处于较为领先水平，社会效益方面尤其是财政资金放大倍数有所提升。针对在研究中的发现的问题，本文提出了如下政策建议：第一，建立财政科技投入稳定增长机制，提高财政科技投入带动效益；第二，完善财政科技投入的监督机制，改变财政科技投入方式；第三，优化投入结构，加强基础研究投入并突出重点产业培育；第四，营造科技创新的氛围，加大对原始性创新和高质量科技成果的奖励力度。