手足口病(hand-foot-mouth disease,HFMD)自2008年以来在世界各地都有爆发,在2013年中国多地由CV-A6引发了大范围的HFMD流行。目前对CV-A6的研究仅见病例报道及流行病学分析,而其遗传特征和致病特性等还未见报道。本研究中,我们报道了2013年在长春地区手足口病患者中分离出的39个CV-A6-CC株的部分VP1区序列,且获得了其中4株具有代表性的CV-A6-CC株的全基因组序列,并登陆Genbank数据库。部分VP1区的系统进化树分析表明,CV-A6-CC株与世界其他地方来源的CV-A6一样,分布在3个大支里。CV-A6-CC株全序列与世界其他地区来源的CV-A6做系统进化树分析,结果表明CV-A6-CC株可能是来源于CV-A6原型株Gdula与CV-A6-日本株和上海株的重组。重组分析结果表明,CV-A6-CC株可能是Gdula株和CV-A4的原型株或其他类似于CV-A4的病毒株重组而来,其重组模式与从中国其他地区来源的CV-A6株不太一致。进一步的,我们建立了致死性新生ICR乳鼠模型,用4种病毒株分别免疫乳鼠,观察并记录免疫后乳鼠出现的临床症状评分及生存率;此外,我们还测定了致病乳鼠9种组织及血液中的病毒载量,并且进行了病理学分析,以此来研究CV-A6病毒对新生乳鼠的致病作用,结果表明,不同的CV-A6-CC株病毒在乳鼠模型中具有不同的致病能力,根据其致病特性可以将CV-A6-CC株分为致死株(CC046、CC097和CC099)及非致死株(CC098)。我们的研究第一次报道了引起手足口病的CV-A6病毒可以分为致死株和非致死株,这将为我们进一步的研究CV-A6病毒的致病分子机制研究奠定基础。