中国经济在经历了30多年高速发展之后开始转轨进入“新常态”,“新常态”下,结构性产能过剩和有效供给不足并存成为典型特征,消费和生产之间日益脱节。为此,中央政府提出从“供给侧”出发,加强“供给侧结构性改革”,矫正要素配置,扩大有效供给,推动产业结构转型升级。现代市场经济条件下,产业结构转型升级实质就是资金部门流向的转变,因此金融体系在产业结构转型升级过程中扮演着重要角色,而金融体系又可分为银行主导型金融结构和市场主导型金融结构两种类型,探究这两种金融结构中哪种能更好的推动我国产业结构转型升级就成为本文的切入点。本文在梳理总结以往研究成果的基础上,首先对金融结构与产业结构相关理论发展沿革进行概述,并从“二分法”角度下对两种金融结构影响产业结构升级机制做了理论推导。之后分析了我国金融结构与产业结构发展现状,揭示了二者当前存在的问题与不足。随后运用因子分析法从效益性指标、高级化指标以及效率性指标三方面综合构建我国31个省份产业结构发展评价体系,计算出各省2004-2015年产业结构综合得分,并以此作为因变量,同时将金融发展、对外贸易和政府支持作为控制变量,构建GMM实证回归模型,研究了金融结构与产业结构间的关系。鉴于我国地区发展不平衡,将我国分为东部与中西部两个地区进一步构建实证模型进行对比分析,考察了不同经济金融发展水平下,金融结构与产业结构二者关系的差异。最后,根据实证结论,从优化金融结构与提升金融效率两方面提出了对策建议。