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目的：探讨Clock和Bmal1基因多态性与以原发性高血压为主的代谢综合征之间的关系。方法:选择2011年10月至2013年1月福建省立医院心内科连续就诊的非糖尿病的原发性高血压患者197例(未服药175人，单用钙拮抗剂22人)。将患者分为：代谢综合征组（MS，n=91）和非代谢综合征组（非MS，n=106），记录临床资料、生化指标和动态血压，采用PCR-限制性片段长度多态性(RELP)检测Clock基因型（T/C），采用PCR检测Bmal1基因型(A/G)。结果：（1）研究对象的Clock和Bmal1基因型分布均符合Hardy-Weinberg遗传平衡(P＞0.05)，样本具有群体代表性。（2）临床特征比较：与非MS组比，MS组腰围、体质指数（BMI）、三酰甘油（TG）、空腹血糖（FBG）、胰岛素、胰岛素抵抗指数、糖化血红蛋白水平高，女性少、高密度脂蛋白胆固醇（HDL-C）低（P＜0.05）。年龄、低密度脂蛋白胆固醇、动态血压监测指标两组之间的差异无显著性。（3）基因多态性的比较：①Clock基因：与非MS组比，MS组TT型分布频率少（χ~2=10.045，P=0.005），T等位基因分布频率少（χ~2=11.333，P=0.001）；与TT型携带者比，非TT基因型携带者MS风险高2倍（OR=2.616，95%CI：1.395~4.906，P=0.002)；②Bmal1基因：与非MS组比，MS组GG型分布频率多（χ~2=11.342，P=0.003），G等位基因分布频率多（χ~2=8.602，P=0.003），与AA型携带者相比，GG型携带者MS的风险高3倍（OR=3.304，95%CI：1.315~8.305，P=0.009)，与AG型相比，GG型携带者MS的风险高2倍（OR=2.715，95%CI：1.423~5.177，P=0.002)。（4）基因多态性与代谢指标间的关系：①Clock基因：与TT型相比，C等位基因携带者高TG的风险高2倍(P=0.024，OR=2.022，95%CI：1.090~3.750)，血糖受损的风险高2倍(P=0.042，OR=1.970，95%CI：1.019~3.808)，胰岛素抵抗的风险高2倍(P=0.032，OR=2.033，95%CI：1.058~3.907)②Bmal1基因：与非GG型相比，GG型携带者血糖受损的风险高2倍(P=0.021，OR=2.133，95%CI：1.113~4.090)，胰岛素抵抗的风险高2倍(P=0.039， OR=1.962，95%CI：1.029~3.739)。结论：原发性高血压患者Clock基因C等位基因及Bmal1基因GG型在代谢综合征中的分布频率多，可能是MS的遗传易感因子。