2000年以来“公务员热”的火爆程度与日俱增，与上世纪90年代的“下海热”形成了鲜明的对比。CHNS数据显示，2000年之前，国有部门的平均工资低于非国有部门；而在2000年国有部门与非国有部门的平均工资差异实现了由负到正的逆转，并且此后差异迅速扩大，至2009年，国有部门的平均小时工资已经比非国有部门高出69.10%。国有与非国有部门的工资差异有两方面来源：不同部门劳动力的特征差异与不同部门工资决定机制的差异。来源于前者的工资差异是市场竞争性的体现，而来源于后者的工资差异是由我国劳动力市场上的体制性分割所引起的不合理的“同工不同酬”。这种非竞争性的“同工不同酬”对劳动力市场的人力资源配置效率，进而对整个经济的运行效率都有一定程度的损害。劳动力市场是现代经济中最重要的市场，鉴于21世纪以来出现的新特征，本文对2000年后两部门工资差异全面系统的研究为评价我国劳动力市场的改革进程、指出存在的问题和制定相应政策提供了重要的参考依据和实证支持。基于CHNS中2000年到2009年的数据，本文首先从均值和分布特征两方面深入分析了两部门的工资差异与人力资本差异。然后分别对国有部门与非国有部门建立了半参数形式的工资方程，并应用switching模型修正了样本选择偏差，根据估计出的不同部门教育收益率的差异和经验工资曲线的差异考察了两部门工资决定机制的差异。最后，借鉴传统的分解框架，将两部门的工资差异分解为由两方面来源分别产生的工资差异，以“同工不同酬”的大小来衡量体制性分割的程度，并根据其动态变化来考察我国劳动力市场的演变过程。研究的主要结论：我国当前的劳动力市场存在着体制性分割，国有部门存在着工资溢价，其工资决定的市场化程度远低于非国有部门，但近年来随着改革进程的不断推进，其竞争性也在逐步提高，工资溢价也有所缩小。国有部门的工资机制和劳动力特征都比非国有部门具有优势，但是工资溢价只占两部门工资差异的20%及以下，并且这一占比正在逐步减小。虽然部门间劳动力的特征差异是工资差异最主要的直接来源，但本文认为工资溢价的存在是劳动力特征差异存在和进一步扩大的重要原因，其存在会导致高人力资本集中在国有部门，而非国有部门中高人力资本却非常稀缺。国有部门的工资溢价损害了人力资源的配置效率，而且也可能是两部门工资差异的根源，政府应采取相应的措施逐步消除这种体制性分割，实现人力资源的有效配置和国民经济的健康发展。