杨树富含亮氨酸受体蛋白激酶家族生物信息学分析

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富含亮氨酸重复序列受体蛋白激酶(Leucine-rich repeat receptor-likeprotein kinase, LRR-RLK)是植物受体蛋白激酶家族中最大的一个分支,该基因家族基因广泛参与植物器官发生、形态建成、逆境胁迫应答等多种信号传导过程,在植物生长发育中发挥着重要功能。本论文首先利用拟南芥全部富含亮氨酸受体蛋白激酶基因序列在木本模式植物毛果杨数据库Phetozome8.0中同源检索得到379个包含胞外受体结构域、跨膜区、胞内激酶结构域的候选基因;随后利用序列亲缘关系将全部杨树基因分为14个亚家族并结合拟南芥遗传资源对每个亚家族进行了命名;接着利用内含子和外显子组成分析揭示了各个亚家族的内含子外显子组成规律,同时利用MEME (Multiple EM for Motif Elicitation)工具确定了个亚家族胞外结构域的保守氨基酸基序以及各个保守基序的排列规律;染色体定位和杨树基因组已有片段置换和串联重复数据分析揭示82%的基因处在片段置换区域,表明片段置换在该基因家族的进化中起着主导作用;最后本文利用公共数据库中的表达数据绘制了该基因家族的组织特异性表达以及逆境诱导表达热图谱,对于63个已知功能的拟南芥基因我们在杨树基因组中找到了与其中50个在亲缘关系、结构、表达都类似的基因。而诱导表达热图谱结果表明该基因家族在器官再生、创伤诱导、缺氮、缺氧和休眠过程中都有显著的表达谱变化,而在真菌、细菌、三氯化铝处理下表达谱变化不明显,以此初步揭示了该基因家族基因时空表达和诱导表达变化规律。本文综合利用生物信息学、比较基因组学研究方法,首次对杨树富含亮氨酸受体蛋白激酶家族进行了筛选、分类、结构注释、以及表达谱绘制。此外还结合拟南芥已知功能基因挖掘到潜在有生物学功能的杨树LRR-RLK基因52簇,为该基因家族遗传转化验证提供了理论指导。
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