利益是人行动的主要动力,对利益的追求在促使市场经济飞速发展的同时也诱发着各种不良因素。本该代表公共利益的政府部门偏离其价值导向,追求不正当利益就是其中之一。政府部门是政府科层化分工的具体表现,是政府制定和执行政策,管理公共事务,提供公共服务的机构。从应然的角度来说,政府部门在执行公共权力的过程中所体现的就是公共利益。然而政府部门作为一个组织,其本身就存在自身的组织利益,组织中的成员更是具备各自的个人利益,当追求利益的动机与强大的公共权力相嵌合,利用公共权力谋利、腐败、寻租等现象的产生也就成为可能。本文立足于政府过程,对政府部门利益进行研究,对政府部门利益中的正当和不正当部分进行区分,以期对因追求不正当部门利益所产生的部门利益制度化问题的解决有所帮助。本文共分六个部分：第一部分导论,介绍部门利益制度化问题的选题来源,研究意义,国内外研究现状,研究内容和思路、方法；第二部分通过对政府过程、利益、公共利益、部门利益等相关概念的阐释来区分各种利益,并界定部门利益中的正当与不正当部分,借此详述部门利益制度化问题的生成机制；第三部分阐述了正当和不正当的部门利益所产生的影响,由此引出部门利益制度化问题的直接危害；第四部分从制度变迁、“经济人”假设、信息不对称、博弈缺失、相关体制的不健全五个方面来分析部门利益制度化问题的原因,为问题的解决方案的提出奠定基础；第五部分针对问题,提出约束部门利益制度化的建议,包括深化大部制改革、规范财政管理、推进政务信息公开、健全体制、反腐倡廉等；第六部分是结语。