毕氏肠微孢子虫、蓝氏贾第虫、隐孢子虫是三种重要的人兽共患肠道寄生虫,可感染人、家畜、宠物等多种动物。犬、猫是这三种病原体的重要宿主之一,作为宠物被饲养时常与家庭成员同吃同住、接触频繁且密切。本研究为了解云南省部分地区宠物犬猫这些病原体的感染情况,以及人兽共患风险,对该地区宠物犬猫进行了这三种病原体的检测和基因型鉴定。在云南省的宠物市场、宠物医院和收容所共采集到433份新鲜粪样,其中犬样262份,猫样171份。采用巢式PCR结合测序的方法检测样品中毕氏肠微孢子虫、蓝氏贾第虫、隐孢子虫的感染情况以及鉴定三种病原体的基因型,并采用卡方检验的方法对比分析不同生活环境组、年龄组、性别组和地区组的犬、猫感染率的差异。毕氏肠微孢子虫、蓝氏贾第虫、隐孢子虫在犬中的感染率分别为8.0%,13.7%和4.6%,在猫中的感染率分别为2.3%,1.2%和0.6%。三种病原体在不同组别的感染率差异结果显示,来自于收容所的犬的感染率显著高于宠物医院和宠物市场的犬,来自于收容所、宠物医院的猫的感染率没有显著性差异,而不同地区组、不同性别组、不同年龄组的宠物犬和猫的三种病原体的感染率没有显著性差异,说明影响犬、猫感染这三种病原体的风险因素可能是不良的生活环境和较差的卫生状况。三种病原体的基因型鉴定结果显示,在云南省的犬中检测到的毕氏肠微孢子虫基因型为Pt Eb IX和CD9,其中优势基因型为Pt Eb IX,犬中检测到的隐孢子虫虫种为C.canis;在猫中检测到的毕氏肠微孢子虫的基因型为Type IV,隐孢子虫虫种为C.felis。此外,在犬中发现了蓝氏贾第虫集聚体C、D,在猫中发现了集聚体F。该研究中检测到的隐孢子虫虫种C.canis、C.felis和毕氏肠微孢子虫基因型Type IV均具有人畜共患性,故云南省宠物犬猫感染的毕氏肠微孢子虫和隐孢子虫具有一定的人兽共患风险。