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蓝莓（Blueberry）是杜鹃花科（Ericaceae）越橘属（Vaccinium）植物,蔓越莓（Cranberry）为其近缘种,两者因果实营养丰富而被广泛种植。蓝莓种苗混杂问题日益突出,因此亟需开发准确且有效的鉴定方法。不同的分子标记技术检测基因组的部位以及每个位点的特异性不同,因此对蓝莓等遗传基础狭窄的果树进行种质鉴定和亲缘关系分析时,需要综合不同的分子标记予以考虑。本研究开发了基于SSR、SSAP和叶绿体DNA的3种不同分子标记,以此来鉴定52份越橘属种质（48份蓝莓和4份蔓越莓）并对其进行亲缘关系分析。主要结果如下:（1）对蓝莓品种‘布里吉塔’叶片转录组序列进行SSR位点搜索和分析,共发现SSR位点22058个,总发生频率为21.32%。SSR重复类型以二核苷酸发生频率最高（77.70%）,三核苷酸次之（21.45%）。从53对SSR引物中共筛选保留15对条带清晰且能稳定扩增的SSR核心引物。使用核心引物对52份越橘属种质进行分析,有效等位基因数最大值为5.883（VcSSR50）,最小值为1.642（VcSSR20）,平均值为3.227;香农多样性指数变化范围是0.4901.870,平均值为1.193;观察杂合度和期望杂合度的变化范围分别是0.0240.931和0.2620.866,平均值分别为0.603和0.628。根据主坐标分析和聚类树结果推测兔眼蓝莓‘贵蓝’的选育有野生高丛蓝莓（V.corymbosum）血统的参与;蓝莓品种‘莱格西’的遗传背景很可能更多源自于南方蓝莓（V.formosum）。（2）从蓝莓基因组中预测和筛选得到总长为98070 bp的长末端重复序列反转录转座子,占蓝莓基因组全长的3.96%。从中鉴别出33条Ty1/Copia家族成员和60条Ty3/Gypsy家族成员,分别占比1.58%和2.39%。从78对引物中成功筛选出36对SSAP引物,建立了适用于蓝莓及近缘种的SSAP分子标记。SSAP共扩增得到3323个条带,其中3322个多态性条带,每个位点的条带范围介于47到222间,平均条带数为92,引物组合多态性条带比例平均值为99.96%,表明SSAP引物多态性丰富。结果显示蓝莓品种‘蓝丰’和‘蓝光’虽由相同亲本培育而来,但两者基因组成和遗传背景有所差异;兔眼蓝莓‘波尼塔’在基因库组成上更倾向于高丛蓝莓。综合SSR和SSAP的结果推测野生高丛蓝莓参与了兔眼蓝莓的选育。（3）利用叶绿体DNA的4个非编码区(trnLUAA-trnFGAA、trnHGUG-psbA、rpS12-rpL20、trnL-trnF),共检测出28个变异位点和8种cpDNA单倍型,Hd和π分别为0.800和2.69×10-3。南高丛蓝莓遗传多样性水平最高(Hd=0.804和π=1.39×10-3),包括7种单倍型;北高丛蓝莓次之(Hd=0.727和π=1.19×10-3),包括5种单倍型;兔眼蓝莓和蔓越莓仅有一种单倍型（Hd=0和π=0）,分别为H3和H8。在H1H8这8个单倍型中,H3最为普遍,它分布于3种不同的蓝莓中（北高丛蓝莓4份,南高丛蓝莓1份,兔眼蓝莓3份）;单倍型H1、H2、H4和H6,分布于2类不同蓝莓中;剩余的单倍型H5、H7仅出现在南高丛蓝莓中;H8为蔓越莓所特有。链状的单倍型间关联图表明蓝莓在历史上衍化较为单一保守,并且推断H3是最古老的单倍型。