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近年来,硅藻被广泛应用在河流监测中,尤其在欧美一些国家,水环境管理机构应用硅藻对河流、湖泊水质进行评价,而在中国尚未建立河流水质硅藻监测体系。依据现有理论,我们在三个降雨明显不同的时期对珠江水系进行调查,其中,在增江流域设置了21个采样点,东江惠州河段设置了5个采样点,研究环境变量和底栖硅藻之间的关系。在三个不同的时期,对各采样点底栖硅藻相对丰度、丰度、优势种、属种分布、群落构成进行分析。现场测定了水温(WT)、溶解氧(DO)、电导率(SC)、pH和透明度(SD)等物理指标,实验室内分析了总氮、总磷等理化指标。应用相关性分析、主成分分析等多元统计分析方法分析了两个流域底栖硅藻群落组成、丰度与环境因子之间的关系,同时研究了底栖硅藻群落分布特征、优势种、相对丰度和生物多样性。本研究共发现底栖硅藻2纲6目45属260种(包括亚种和变种)。各个采样点优势种有所差异,但是常见种却大致相同。Navicula(舟形藻属)、Nitzschia(菱形藻属)、Gomphonema(异极藻属)和Achnanthidium(曲壳藻属)为两个水系的优势属。舟形藻属中Navicula minima数量最多,菱形藻属出现最多的是Nitzschia clausii和Nitzschia palea,异极藻属中Gomphonema parvulum和Gomphonema rhombicum在水体中出现的频率和丰度较高,曲壳藻属中的Achnanthidium minutissimum和Achnanthidium rivulare出现的频率最高,成为增江流域多个采样点的优势种。Nitzschia clausii, Nitzschia palea和Luticola goeppertiana经常出现在污染比较严重的水体,大多数的Nitzschia属经常出现在中污染或重污染水体,增江流域菱形藻属的相对丰度与电导率成显著的正相关关系(R=0.7477,P<0.01),与总磷成正相关关系(R=0.5498,P<0.05)。Achnanthidium minutissmum与溶解氧成正相关关系(R=0.476,P<0.05),与温度(R=-0.685,P<0.01)、电导率(R=-0.479,P<0.05)和正磷(R=-0.450,P<0.05)成负相关关系,而且该种还和流速有较大的关系,水体中其余理化指标相关性不显著。通过底栖硅藻优势种、硅藻属指数、多样性指数、均匀性指数等对增江和惠州段水质进行评价。在增江流域的三级、四级河流的采样点,由于受人类活动的影响较大,污染比较严重,一级、二级河流的采样点(除个别点外),污染比较轻,水质较好。在惠州段的5个采样点中,S2和S3点是受污染最严重的两个样点,主要原因是受西枝江影响,水质较差,S4、S5点是受污染最轻的两个样点,S1点受到中度污染。