随着经济、社会的快速发展，环境问题日益凸显，党的十八大提出把生态文明建设放在突出地位，融入经济建设、政治建设、社会建设、文化建设各方面和全过程，构建美丽中国。环境审计作为环境管理的重要手段，是对政府的环境管理工作进行监督评价，以提高政府的环境治理水平和工作效率。但是，由于我国环境审计发展相对较晚，目前的环境审计还处于合法合规性审计的阶段，现有研究主要针对环保专项资金的使用与管理，在审计评价中侧重于考核环境管理的经济性，对资源环境管理的效果性、效率性方面的评价较弱，社会效益的评价较少，环境绩效审计的研究不多。环境绩效审计的重点之一是指标的设计，审计的效果很大程度上受指标的影响，而现有的环境绩效审计指标体系存在一些问题：孤立了资源环境与经济的关系、缺乏社会效益指标、缺少可比性、可操作性和实用性等，导致环境审计不能准确客观评价环境治理水平，环境绩效审计很难真正开展。鉴于此，本文以环境绩效审计指标体系为研究对象，在研究相关理论的基础上，结合环境绩效审计的现状分析，展开对环境绩效审计指标体系的研究。在环境绩效审计指标的设置上，除了采用经济考核指标外，将资源环境、社会发展指标作为重要考核内容，使指标的内容更加丰富，构建了一套相对完整的指标体系，更加符合可持续发展要求。在指标的权重设计上，本文运用层次分析法构建环境绩效审计综合评价模型，为每个指标分配权重，根据相对重要性的不同，合理分配审计资源，相对重要性越高的指标，对其考核更加细致严格，从而提高环境绩效审计工作的科学性、有效性。在指标的评分上，将指标分为定量、定性两类进行评分，采用标杆评价法对定量指标进行评价，采用专家问卷法对定性指标进行评价，乘以各指标对应的权重，汇总相加即形成审计结论。最后，用审计署“黄河流域水污染防治与水资源保护专项审计”的案例来验证本文所构建的指标体系，以此来指导政府环境绩效审计工作，监督和检查政府环境管理活动，促使政府不仅关注经济效益，还关注资源环境效益和社会效益，从而有效发挥审计在生态文明建设中的监督作用。