元代是中华民族探索和利用海洋的重要时期,表现在海外贸易的繁荣及大规模漕粮海运的实行,显示着起于朔漠的蒙古人在入主中原之后经营海洋的雄心。至元十九年,元朝试行漕粮海运并于次年设立海运机构,至元二十八年,海运机构改名海道都漕运万户府,由朱清、张瑄分别统领。大德七年,朱、张案发罪诛后,万户府被合并为一,下设机构也由之前的“翼”变为十一个千户所。至大四年,十一个千户所合并为七个千户所,在整个海运过程中,海道都漕运万户府行使着派遣官员督运漕粮、革除海运弊政、筹措水脚钱、组织海神祭祀等职能。在海运不同的发展时期,官员的选任和升迁呈现不同的特点。在海运初兴和衰落时期,官员的选任和升迁受执掌政治局势的影响较大,此外,海运初兴时期正官和千户多从南人中选任,且多数在任官之前有参加海洋活动的经历,官员之间也有较强的亲缘关系,朱、张案发后,海运官员多从浙东沿海地区选任,在元中期平稳运行时期,正官的选任具有较明显的族群色彩,而此时期,漕运水程的规划、船户的管理、处理与其他机构的冲突、对腐败的治理等是影响海运正官考核与升迁的重要因素。海道都漕运万户府作为漕粮海运的专责承运机构,与元代各政府机构有着密切的业务往来。中书省作为管理海运的最高机构,决定万户府中海运官员的任用,同时规定漕粮海运的任务、调节万户府与相关机构的关系,江浙行省作为海运在地方上的重要领导机构,负责决策海运实行中的具体问题、负责海船户水脚钱的发放及海运出发之前提调海运,路府州县主要工作是配合万户府完成每年在地方上的漕粮征集,各级相关军事机构如枢密院、浙东宣慰司都元帅府、防御海道运粮万户府等在海运中的任务主要是保障运粮安全。元代漕粮海运是关乎国计民生的重要事业,以海道都漕运万户府为承运机构的海运制度保障了京都的粮食安全,加快了东南滨海地域的开发,加强了南北方之间的交流往来,而海运带动的新航线的开辟、造船技术、航海知识的进步也一定程度上推动元代的海洋经营进入新时期,但同时也应看到它所产生的种种弊端:海运漕粮征收以江浙行省为主,令当地民众背负沉重的劳役、赋税负担,而元末海运在管理上的腐败又使此加剧,使更多的人走向了政府的对立面,且有元一代,族群间的不平等在海运中被明显体现,加剧了元朝本就严重的族群藩篱,各种矛盾激化,最终酿成了动乱,而对于海运的过分倚重,也在元末动乱海寇截断漕粮海道之后,加速了元政权自身的灭亡。