我国养猪业正在向规模化和智能化的养殖模式蓬勃发展,养殖规模与管理水平的不对称,使得猪病种类越来越多,病程复杂程度不断加剧,多种疫病的混合感染越来越严重,给临床诊断和治疗带来了困难,严重制约了我国养猪业的发展。许多散户和微型养猪场,尤其是以生活产生的餐厨垃圾作饲料饲喂的猪场,因其饲养管理和疫病防控能力差,导致各种疾病的发生,使猪场对疾病的预防和控制越来越困难。加之我国养猪现状中生猪调运,生物安全防控不到位等因素,加剧了各种病原体在猪场间的传播。多种疾病的感染严重影响猪群健康水平和生物安全体系,而加大了新发动物疫病和重大外来疫病对猪场的威胁。本研究通过建立两种高效、灵敏、自动化的高通量检测方法,对不同养殖场进行病毒性病原分子流行病学调查,并分析了不同养猪场对疾病的有效防控能力,以及新发和外来动物疫病的感染风险,进一步对新发和外来动物疫病猪繁殖与呼吸综合征NADC30-like毒株(NADC30-like PRRSV)和非洲猪瘟(ASF)进行检测和病毒实时监控,主要结果如下:(1)建立了一种毛细管电泳的猪病毒性疫病高通量检测方法,能有效同时对9种猪病原体进行检测,包括PRV、CSFV、FMDV、JEV、PCV2、PRRSV、PEDV、TGEV和PPV,该方法同时检测到9种病毒的最低检测限度为10~4 copies/μL,具有较高的检测灵敏度,同时具有较好的特异性和重复性。通过对2015-2017年间采集的178份临床样品进行检测,发现病原体感染情况较为严重,特别是多重混合感染情况较为复杂,样品阳性检出率为49.44%,在检出的病毒性疾病中,PRV、PRRSV、PCV2、PEDV所占比例较高,以PCV2和PRRSV混合感染极为严重。因此提高猪场饲养管理水平,建立有效的疾病防治措施显得尤为重要。(2)基于靶序列富集多重PCR(TEM-PCR)技术和液相芯片系统,建立一种同时检测上述9种猪病毒性疫病的高通量检测方法,通过对该方法检测性能的优化和验证,以及临床样品应用及比较,该方法较毛细管电泳检测方法具有更高的灵敏度,能同时检测到9种病毒的最低检测限度为10~3 copies/μL,特异性和重复性较好。临床样品检测结果与毛细管电泳检测结果高度一致,为猪病高通量的临床鉴别诊断提供一种有力的技术支撑,同时为先进的检测技术应用于兽医临床诊断提供参考。(3)利用建立的两种高通量检测方法,对三种不同类型养猪场采集的341份临床样品进行检测和病原分子流行病学调查研究。根据病原检测结果,初步分析了不同猪场对疾病的有效防控能力,进而推测猪场对新发和外来动物疫病的防控能力及感染易感性。结果显示四川地区养猪场病原阳性检出率均较高,普遍存在多病原混合感染的情况,且较为严重,特别是微型养猪场,其病原感染情况最为严重。进一步通过鉴别诊断方法对近年来国内的新发动物疫病NADC30-like PRRSV进行临床的监测研究,结果可知341份临床样品ADC30-like PRRSV阳性检出率为21.41%,其中微型养猪场的阳性检出率最高,为45.90%,其次为中小型养猪场,阳性检出率为22.03%,最低为规模化养猪场,阳性检出率为11.73%。猪场应进一步完善生物安全措施,做好猪群的饲养管理,结合现有疫苗控制,降低猪场感染的可能。(4)原核表达ASFV pK205R重组蛋白,并进行蛋白纯化和验证。以pK205R为包被抗原,建立一种快速的ASFV间接ELISA抗体检测方法,同时建立了高检测灵敏度的ASFV ddPCR核酸检测方法。分别对2015-2017年间采集的474份样品进行检测,该方法在我国边境及口岸入境动物检验检疫中开展临床示范,同时对四川地区不同养猪场ASFV进行实时监控,检测结果均为阴性,表明在本研究中并未发现ASFV的感染。本研究为国内ASFV的实时监控提供数据参考,同时也为ASFV的检验检疫提供可靠的技术储备。