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抽穗期、株高、千粒重、谷粒粒型（粒长宽比）等是水稻的重要农艺性状，这些重要的农艺性状决定着一些水稻种类能否在一个地方长势良好，能否适应一个固定地方的气候，能否得到高产量的水稻种类，因此，控制水稻这些农艺性状的基因的精细定位与克隆和深入了解控制抽穗期，谷粒粒型、株高、千粒重这些基因的机制特征指导育种实践具有重要意义，对品种改良和品种推广也有重要作用。本实验对几个农艺性状做了一些定位及分析：单片段代换系(SSSL)的构建用到了高代回交手段和分子标记辅助选择等技术手段，该材料的大部分遗传背景与受体亲本的遗传背景相同，只有一个染色体片段来自供体亲本，以带有华粳籼74遗传背景的单片段代换系W01-42-42-8-20-1，W06-40-48-06-2-1分别和华粳籼74杂交得到的F2代次级分离群体为试验材料，对控制水稻几个农艺性状的QTL进行定位分析，分别将两群体命名为群体A，群体B。对群体A的抽穗期进行统计，且对群体A的早抽穗部分与晚抽穗部分进行卡方检测，经检测该群体抽穗期分离比符合15:1。因此认为W01-42-42-8-20-1的代换片段上存在两个控制水稻抽穗的基因。利用SSR标记，将这两个基因的范围缩小到第六号染色体标记RM510-RM204之间。在日本晴品种中存在已克隆的有关抽穗期的基因，分别为Hd3a和RFT1。同一小组的另一成员对两个材料的Hd3a和RFT1基因座位上的序列进行比对，代换系上两个基因座位序列与HJX74相应座位的基因序列均有差异，且蛋白质序列也同样存在差异，证明群体A抽穗期分离可能分别是由Hd3a，RFT1控制的。利用分离群体B中与HJX74农艺性状差异极显著的单株进行重叠群作图分析，在W06-40-48-06-2-1代换片段上鉴定出了一个株高QTL，一个谷粒粒型QTL和一个千粒重QTL。经加性效应分析，株高QTL和千粒重QTL均具有较大加性效应，谷粒粒型QTL属于微效QTL。该实验用到了微卫星多态性分析方法和混合分组分析法（简称BSA）这两种方法，定位并且研究了与水稻抽穗期相关的基因，该实验所用亲本分别为圣稻16和9311，以圣稻16为轮回亲本，经过4代回交得到本实验所用材料BC4F1群体。分别对BC4F1分离群体中246个单株进行抽穗期的统计与记录，并且该实验对观察值进行了卡方检验，检验的结果显示晚抽穗的部分与早抽穗的部分的分离比值为1:3，说明晚抽穗基因为一个隐性基因控制。利用微卫星标记将该基因定位在6号染色体上，在PSM388-RM19895所在的区间上。网上序列分析表明PSM388和RM19895之间的遗传距离为4.0cM。