生猪疫病一直是困扰养猪业的一道难题,猪舍的不良环境是许多疾病的诱因,只有给猪提供舒适、干净的生活环境才能减少生猪疫病的发生,提高生猪的生产能力。微生物发酵床养猪作为近年我国引进的一种新兴养猪模式,实现了养猪无臭味,零排放的目的。利用发酵床养猪最大的好处是给猪在其生态环境中创造了一道益生菌抵抗有害菌的天然防线,提高了动物的免疫水平,大大降低了发病率、死亡率。本研究采用平板分离法和磷脂脂肪酸(PLFAs)法对微生物发酵床养猪猪舍基质垫层微生物群落结构多样性、病原菌分布动态进行研究,结果如下:(1)通过系统调查发现,发酵床猪舍基质垫层中含有丰富的微生物种群,从基质垫层中分离的细菌经鉴定,属于22个不同属。(2)微生物发酵床中细菌是优势菌,分布数量达到了108数量级,其群落动态呈现先上升后下降的趋势,而真菌和放线菌的分布数量相对于细菌低3～4个数量级。(3)基质垫层有一定量大肠杆菌和沙门氏菌分布,但是垫料使用一段时间后,其分布数量呈现不断下降趋势,至第5个月,降至一个极低的水平。大肠杆菌分布数量与细菌呈现显著负相关(r=-0.47),与放线菌显著正相关(r=0.48)。沙门氏菌分布数量与细菌呈显著负相关(r=-0.62),与真菌(r=0.67)和放线菌(r=0.58)极显著正相关。(4)发酵床技术使用的先导菌短短芽孢杆菌(Brevibacillus brevis)在基质垫料中以优势菌稳定存在,并对大肠杆菌和沙门氏菌有明显的抑制作用。通过抑菌圈实验发现,基质垫层有些细菌对大肠杆菌和沙门氏菌有明显的抑制作用,能有效抑制病原微生物的生长。其中发酵床基质垫料中的芽孢杆菌属细菌对生猪疫病防治中起主要作用。(5)采用磷脂脂肪酸(PLFA)法,分析不同使用时间发酵床基质垫层微生物群落结构的动态变化,结果从不同使用时间发酵床基质垫层共检测出了41个脂肪酸生物标记,表明基质垫层中含有大量不同的微生物类型;分析垫料使用过程中多样性指数变化,发现各多样性指数变化不大,表明发酵床垫料群落结构相对稳定。