近十多年间，中国的房地产市场和股票市场发展迅速，股票价格的涨跌和房地产资产价格波动直接影响到民众的财富存量，从而直接影响居民的收入分配、消费支出和消费决策，并进而影响总的供需关系和经济增长。通过揭示股票市场和房地产市场两者之间的内在联系，得出可行性结论，对于防止两个市场泡沫的滋生、膨胀，促进其健康发展，防范金融风险，优化投资者配置资产组合，实现国民经济持续、平稳、快速的提高都有十分重要的理论意义和现实意义。本文首先通过对我国股票市场与房地产市场相关关系进行理论分析，探究影响两者关系的宏微观因素，然后利用时间序列单位根ADF平稳性检验、Johansen协整检验、Granger因果关系检验，脉冲响应函数分析等方法对我国股票市场和房地产市场相关关系分阶段进行实证研究，根据实证结果得出1999年1月-2005年12月时间段和2010年1月-2012年12月时间段两个市场的不相关性和2006年1月-2009年12月时间段存在较为显著的协整关系的结论。最后根据理论分析的结果和实证检验的结果，分析和解释我国股票市场和房地产市场在不同阶段出现不同趋势的原因，并提出有效控制房地产市场和规范股票市场等具体政策建议。