司法鉴定结论是我国诉讼法定证据之一，具有较强的证明力。司法鉴定是借助科学技术和专门知识，解决与案件有关的某些专门性问题的主要手段，它在诉讼中起着其他手段无法替代的作用。随着人们海洋环境保护意识的提高和海洋环境污染、船舶碰撞等危害事故的增多，海事司法鉴定日益引起人们的重视，也越来越成为司法鉴定中重要的一环。于是，研究海事司法鉴定及其各项制度就显然为海事诉讼的顺利进行，明晰当事人的责任，保护我国海洋环境，保障人们的合法权益具有重要而深远的意义。海洋环境污染损害作为一种环境侵权具有特殊性，这也就决定了在诉讼中海事司法鉴定的特殊性。 本文从海事司法鉴定作为一种特殊的鉴定入手，在明确司法鉴定相关概念、特征和海洋环境污染现状及特点的基础上，对海事司法鉴定进行详述，指出了我国海事司法鉴定的起源、发展和立法；并从实体和程序两个方面对海事司法鉴定的基本制度进行详述，指出了海事司法鉴定的管理制度(包括海事司法鉴定机构和鉴定人资格制度、海事司法鉴定人执业证书制度)、海事司法鉴定机构与鉴定人名册公告制度、海事司法鉴定回避制度、启动制度、实施制度、质证制度；对我国海事司法鉴定的实际运作进行论述，分析了在海洋环境污染案件中的实际作用，包括污染程度的判断与损失的确定等。 海事司法鉴定兼跨实体法和程序法两大学科领域，涉及法学、海洋学、物理学、化学等多重学科。立法机关是否能设计出完善的制度，关系着海事司法鉴定机构对鉴定结论的顺利出具、法院对案件事实的认定、当事人合法权益的维护与海洋环境的保护。我们有必要结合国际上的有关理论与实践，完善海事司法鉴定的有关制度，规范海事司法鉴定的相关行为，保证海事司法鉴定的公正性、独立性和科学性。 因此，本文深刻分析我国海事司法鉴定制度存在的问题，以期找到破解我国海事司法鉴定难题的钥匙。分析了我国海事司法鉴定立法滞后的表现，海事司法鉴定在三大诉讼运用中的缺陷，海事鉴定机构和鉴定人资格制度的不完善问题；指出了海事司法鉴定主体资格标准过于原则性、人民法院与司法行政机关管理存在冲突、行业管理弱化和鉴定人社会信誉无法保障；阐述了我国海事司法鉴定存在着的启动程序不规范、鉴定结论采用不平等、鉴定人出庭率低、缺少法律援助等现象。在分析这些问题与现象基础上，结合国际的有关做法，指出了完善我国海事司法鉴定制度的具体建议。要建立完善的海事司法鉴定法律体系，加强海事司法鉴定在三大诉讼领域的运用，建立符合我国国情的海事司法鉴定启动机制，强化海事司法鉴定的审查监督制度，制定海事司法鉴定的援助与救济制度，借鉴国外的海事司法鉴定人资格制度，引进专家证人制度。特别是，本文又详细分析了专家证人制度与鉴定人制度的区别，指出了专家证人制度在海事诉讼中的重要作用和对海事司法鉴定发展的重大意义，提出了我国应引进专家证人制度以弥补海事司法鉴定制度的不足。