伴随着改革开放的发展进程，我国经济发展水平每年以超过8％的速度增长，在共享发展硕果的同时，地区间的经济发展差距也在迅速扩大，这严重阻碍了我国社会主义事业的前进步伐。转移支付制度是政府调节地区经济发展差距的重要手段之一。自1994年实行分税制改革以来，我国转移支付制度对缩小地区差距的实际效果、预期目标实现程度、制度自身设计合理性倍受学术界和社会各界关注，相关研究结论不一。有鉴于此，本文以公共效应内部化和公共财政均等化理论为基础，采用人均财政收入和人均财政支出的变异系数，建立均等化系数指标，选用1994—2012年统计数据，研究了我国财政转移支付制度对地区差距的影响。研究结果表明，总体而言我国转移支付制度缩小了地区经济发展差距，但在整体上并未打破原有的利益分配格局，没有从根本上达到均衡地区财力的效果。因此，我国转移支付制度应该在明确各层级政府的事权财权基础上，健全因素法，优化转移支付制度结构，采用多样化的转移支付模式。