经济全球化、区域经济的一体化使国际金融合作应运而生,区域金融合作是全球金融改革的重点,国际金融危机理论和货币一体化理论都揭示了当前海峡两岸区域金融合作的重要性。台湾农业金融在支持台湾农业现代化发展方面优势明显,独立的农业金融体系,有效运转的农业金库、农渔会信用部的二级制架构及完善的农业信用保证制度。而大陆正在进行农村金融改革,目前包括商业性、政策性、合作性农业金融在内的正规农村金融机构在支持“三农”方面仍较薄弱,新型农村金融机构尚处于起步阶段,存在“金融真空”,在后ECFA时期,两岸农业金融合作有广大空间。　　 两岸农业金融合作除了业务、技术上的合作外,管理合作、股权合作是一种主要模式,台资战略入股农村中小银行机构,参与农村合作金融机构的改制是一种不错的模式。台资企业入股农信社有利于改善其治理,提升竞争力。两岸农业金融合作可以从设立“两岸金融合作试验区”试点金融合作的先行政策,从农村信用担保市场的合作,从学习政策性金融业务的推广,捋顺信用合作社、农业政策性银行关系等途径来进行；而学习台湾的农会办信用社经验,提高基层合作组织的活力是合作的重点,金融监管合作是保障。　　 两岸农业金融合作需抓紧大陆“十二五”期间农村信用社改革,积极推动村镇银行建设的金融商机,加快两岸农业金融合作的步伐,合作实现两岸农业金融双赢,改善台农企业融资和大陆“三农”问题。