近年来,农民专业合作社的经营方式越来越倾向于“公司化”,随之而来的是一系列内部治理问题,财务治理问题是其中最主要的方面。农民专业合作社财务治理主要研究的是通过财权的合理配置、资本结构的优化、激励和监督机制的健全、财务信息质量的改善等系列措施来提高合作社财务治理的效率和效果。本文从探讨合作社的经济组织本质出发,也即先探讨合作社的“公司”本质,进而论述了农民专业合作社同样存在产权不清晰、代理成本过高以及“内部人控制”等现象,因而合作社也需要进行财务治理,并且完全可以借鉴已经非常成熟的公司财务治理机制来进行。农民专业合作社的资本结构是财务治理的基础,是各种资金背后的财权主体相互依存、相互作用的某种利益配置格局,这构成了财务治理结构并且在一定程度上决定着治理绩效。本文在分析农民专业合作社资本结构治理效应的基础上,分析了目前我国农民专业合作社资本结构现状及形成原因,并提出了合理配置资本结构以优化资本结构治理效应的措施。激励和监督机制是一个问题的两个方面。激励机制是对财务治理主体进行有效激发,调动其参与治理和经营的积极性,为企业创造更大的财务效益,监督机制则是对财务治理主体行为进行有效制约,促使治理主体各尽其责。由于合作社的特殊性(双向委托代理机制),其财务治理的激励与监督需要对经营管理者和合作社社员同时进行,并且其激励与监督的方式方法也有其独特性。财务信息质量是财务治理的重要内容,高质量的财务信息不仅有助于财务治理效率的提高,而且能够提高农民专业合作社的外部信任力。改善财务环境,提高合作社财务信息质量,需要从完善理事会和监事会的功能、加强政府监督、提升合作社财务会计人员素质等多方面进行。