中国是柚类(Citrus grandis(L.)Osbeck)的主要起源中心和遗传变异中心之一，种质资源极其丰富。由于柚类是单胚性，在长期的进化过程和复杂的生态条件下，极易出现大量的遗传变异，形成了极其丰富的遗传多样性。由于缺乏系统研究，对其不同类型的演化关系及品种间的系统关系目前仍不很清楚，尤其在柚类资源核心种质构建方面的研究几乎为空白。本研究广泛收集我国重要柚产区资源，在柚类优良品种DNA指标图谱、柚类种质资源遗传多样性研究、柚类核心种质构建等方面开展了一些工作，为柚类植物起源、分类、遗传育种和种质资源保存提供更多更有力的证据，取得了以下结果： 1．采用31对SSR引物、3对AFLP引物对122份柚类种质资源及近缘种的遗传多样性进行了研究。31对SSR引物可以检测到335个等位基因变异，平均每个位点可检测到9.85个等位基因，每个位点多态性信息指数平均值为0.7085，获得了15个柚类种质资源及近缘种共产生了57条特征带；3对AFLP引物扩增出343个等位基因，5％水平多态性为72％，平均每对引物能产生114个等位基因数和82个5％水平多态性位点数，每个引物预期杂合度为0.2445，获得了15份基因型有44个AFLP特异性标记。 2．确定了柚类资源及近缘种种质鉴定所需的SSR适宜位点数。从31对引物中有效地筛选出21对高信息量SSR引物，与31对引物在122份柚类资源间遗传关系达到极显著相关(r=0.9910)，多态信息量从高到低排列前9对SSR引物为柚类核心SSR引物。这些高信息量SSR引物可供不同研究单位对柑橘资源及近缘种直接比较利用。 3．从SSR位点角度分析了柚类资源及近缘种的遗传变异。122份柚类品种及近缘种等位基因平均数最大的品种为奥克布兰柚(3.6)，最小的品种为莽山野橘(1.7)，平均值为2.8；杂合位点比率变幅为53.8％(莽山野橘)—96.8％(鹅蛋柚)，平均值为83.54％；SSR表型平均杂合度平均值为0.524。从种群间分析，以杂种柚及其它柚品种群杂合位点百分率、平均SSR表型杂合度最高，分别为85.5％、0.540，其次为以沙田柚为主的品种群(85.2％、0.535)，第三位为文旦柚品种群(83.0％、0.514)，近缘种最低分别为(72.5％、0.464)。 4．分析了我国柚类生态分布遗传多样性。根据高山、河流走向将我国92份柚类栽培品种划分为6个种群，92份我国柚类种质所有位点总的预期杂合度为0.2431，其中种群内平均预期杂合度为0.227，种群间平均预期杂合度为0.0161，群体内遗传分化程度Fst为0.0667，即种群内的遗传多样性所占的比例为93.38％，种群间变异占总变异的6.62％，6个种群间基因流Nm为3.5。种群内遗传多样性以云贵高原最高，其次为长江中下游，顺次为长江上游、东南沿海、江南丘陵，南岭