党的十八届三中全会提出“探索编制自然资源资产负债表,对领导干部实行自然资源资产离任审计,建立生态环境损害责任终身追究制”,自然资源资产离任审计正式登上历史舞台。2015年中共中央办公厅、国务院办公厅印发了《开展领导干部自然资源资产离任审计试点方案》,试点方案明确,到2018年,经常性的审计制度开始建立。可持续发展要求人们在追求社会经济发展的同时,更加要注意生态环境和自然资源的保护和改善,自然资源资产离任审计应运而生。审计制度作为审计机关监督体系的重要组成部分,发挥着至关重要的作用,建立一套规范的自然资源资产离任审计制度对于自然资源资产离任审计的发展有着无可厚非的重要推进作用。文章分为理论探索和实务探索两个部分,以理论为依据、以实务为指导,两个方面循序渐进探索“自然资源资产离任审计制度”。在理论探索层面,本文分别阐明了资源资产概念、自然资源资产离任审计、自然资源资产离任审计制度的相关概念,在实务探索层面,运用案例分析法,以业务流程为主线从审前准备阶段、审计实施阶段、审计报告阶段三个方面详细阐述了XA市审计局自然资源资产离任审计项目实施情况,并运用对比分析法,与胶州市自然资源资产离任审计进行对比,发现XA市审计局自然资源资产离任审计在规章制度、组织制度、人事制度以及作业制度4个制度方面存在的问题,并分析出法律法规的缺失、自然资源管理部门尚未实现信息共享、审计人才的缺失、自然资源资产权责关系不明确、审计责任追究机制尚未完全建立、生态保护红线落实不到位6个方面的根源所在。结合XA市审计局具体情况,从规章制度、组织制度、人事制度以及作业制度四个方面进行制度设计,并提出健全相关法律制度、建设生态环境监测网络、加大人才培养力度、明确自然资源资产权责关系以及落实生态保护红线等相关保障措施。本文对自然资源资产离任审计制度设计做了初步设想,以审计流程为主线从规章、组织、人事、作业四个方面进行制度设计,为审前准备、审计实施、审计报告三个审计阶段提供了明确的制度约束。目前虽然全国各地都在积极开展自然资源资产离任审计试点工作,但是并没有一套相对成熟的自然资源资产离任审计制度,所以在进行制度设计时无经验可以借鉴和参考。所以本文所设计的制度还不够全面,自然资源资产离任审计在不断发展,会出现各种各样的新问题,实践的发展会推动制度的完善,共同推动社会生态文明可持续发展。