论文部分内容阅读
目的:拟通过对蒿属花粉过敏性鼻炎患者外周血有核细胞进行全基因组甲基化测序分析,筛选与过敏性鼻炎相关的DNA甲基化差异位点,为研究过敏性鼻炎发生及发展机制提供依据,并为涉及过敏性猝死的法医学鉴定提供思路。方法:实验分为2组,蒿属花粉过敏性鼻炎组9例,健康对照组9例;采集外周静脉血血10ml。过敏性鼻炎患者及健康对照组各3例,进行全基因组甲基化测序分析,包括测序深度及覆盖率、比对到基因组、CG甲基化统计、差异甲基化区域(DMR)分析、差异甲基化区域注释。对测序分析得到的差异甲基化位点通过R语言进行随机森林分析,进一步筛选出显著差异位点。蒿属花粉过敏性鼻炎患者及健康对照组各6例对筛选获得DNA甲基化差异位点进行PCR验证。结果:(1)本次测序各样本平均测序覆盖度达91.71%,平均测序深度11.41;测序样本比对到基因组,各样本比对率平均约78.9%。(2)通过生物学信息分析及R语言随机森林包统计分析筛选出与蒿属花粉过敏相关DNA甲基化差异位点62个。(3)进一步设限筛选获得与蒿属花粉过敏相关DNA甲基化差异位点3个。结论:(1)蒿属花粉过敏性鼻炎患者与健康人群外周血有核细胞DNA甲基化存在差异。(2)SEC63、RUNX1T1、SMARCA2甲基化异常参与了过敏性鼻炎的发病过程。