【目的】新型冠状病毒肺炎疫情充分暴露我国公共卫生应急指挥系统的不足,构建重大疫情智能决策与指挥系统是公共卫生事业发展的重中之重。本研究旨在建设一套完善的疫情决策指挥平台,互通疫情防控数据,提供决策支持,有效指挥调度资源,提高重大疫情决策指挥效率和应急处置管理能力,在较短时间减少疫情损失,保障人民群众的生命财产安全。【方法】本研究采用文献研究法,利用中国知网、万方、维普、Pubmed等数据库收集和整理国内外公共卫生应急指挥系统相关研究情况,并开展智能决策指挥系统相关理论与技术研究,为论文的深入研究和撰写提供理论基础和参考依据;采用实地调研法,在湖北省卫生健康委员会和武汉市卫生健康委员会开展实地调研活动,了解公共卫生应急指挥系统现状与存在问题,以及系统开发的业务需求与功能需求;采用业务流程建模方法,借助建模工具Visio,对系统进行业务流程和数据流程分析;采用结构化系统开发方法,对系统进行总体设计和功能结构设计;采用专家咨询法,邀请卫健委专家、信息中心技术人员5-8人开展专家咨询,对研究结果进行论证,根据专家反馈意见修改完善。【结果】本研究结果主要包含以下三个方面:⑴针对公共卫生应急指挥系统现状和存在问题,基于业务需求调研,形成系统分析报告,对疫情地图管理、疫情数据分析、会商决策、预案管理、动态仿真模拟、决策支持、应急资源调度指挥、单兵呼叫、移动指挥、协同处置、现场反馈等关键环节进行描述;（2）在需求分析基础上,形成系统设计报告,对系统进行总体设计和功能结构设计,并对决策支持子系统、资源调度子系统、移动指挥子系统、地理信息子系统（Geographic Information System,GIS）、以及系统管理子系统等主要功能进行具体描述;（3）基于需求分析和系统总体设计,形成数据库设计报告,对系统进行E-R模型设计和数据库表设计,抽取业务中涉及的实体,形成系统实体关系图,对疫情信息数据、应急预案、应急通讯、应急机构、应急专家、应急队伍、应急物资、医疗物资、任务及系统管理员等实体的属性字段信息进行描述。【结论】本研究在系统分析、系统设计和数据库设计等方面的研究成果具有普适性,可直接指导和用于重大疫情应急决策与指挥系统的开发与实施,提高疫情决策的科学性,为疫情协同指挥提供理论支撑和参考依据。