目的：对抗原编码基因esxA、fbpB、Rv2660c进行测序，了解esxA、fbpB、Rv2660c的基因多态性，以及引起的人 T/B细胞抗原表位的多态性，评估基因多态性对结核新疫苗H56有效性的影响。　　方法：从重庆医科大学附属儿童医院感染科化验室保存的2006至2013年间MTB临床分离株标本中选取135株菌株，对不同年间的不同菌株中的3个蛋白抗原编码基因进行PCR扩增和测序，再结合标准株H37Rv基因组数据,对目的基因序列多态性进行研究，比较北京基因型和非北京基因型结核菌株中 esxA、fbpB、Rv2660c基因多态性。再依据从免疫表位数据库(Immune Epitope Database, IEDB)中获得的结核分枝杆菌基因中的人T/B细胞表位序列，对fbpB中的细胞抗原表位区及非细胞抗原表位区的变异特征进行研究。分别计算整个基因编码区、人 T/B细胞抗原表位及非细胞抗原表位序列区的非同义替换率（Non-synonymous substitution，dN）、同义替换率（synonymous substitution，dS）和dN/dS值，并据此对不同序列区域可能面临的机体免疫系统选择压力进行评估。　　结果：在135株菌株中，esxA、Rv2660c序列保守，暂未发现基因变异。fbpB共有66株（48.89%）发现了基因变异，不同年间的菌株中基因变异无差异，北京型和非北京型菌株中 fb p B突变率分别为70.11%和10.42%，差异具有统计学意义。突变类型包括2个同义突变和3个异义突变，5个单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphism，SNP)位点共造成8个（14.81%）T细胞抗原表位以及9个（24.32%） B细胞抗原表位序列的多态性。fbpB基因的dN值为0.000120，dS为0.002126，其中 T细胞表位区与非 T细胞表位区的 dN值分别为0.000067和0.000408，dS分别为0.002382和0.000470，B细胞表位区dN和dS值分别为0.000063和0.002380，非B细胞表位区dN和dS均为0。　　结论：esxA、Rv2660c基因序列较保守，fbpB存在基因多态性，尤其在北京型菌株中 fbpB存在大量基因变异，预测会对蛋白 Ag85B的蛋白结构和免疫功能造成影响，从而影响H56的免疫有效性。fbpB中人 T、B细胞抗原表位也存在多态性，但fbpB的抗原表位不存在免疫逃逸，在与机体免疫系统的相互作用中为纯化选择。