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本研究利用BOXAIR-PCR、16S rDNA PCR-RFLP、16-23S IGS PCR-RFLP与16S rDNA、GSⅡ序列分析等方法,研究了分离自四川攀枝花地区的43株葛藤根瘤菌的多样性及系统发育,以揭示四川攀枝花地区葛藤根瘤菌的遗传多样性和系统发育地位。通过BOXAIR-PCR指纹图谱分析,供试菌株在53%的相似性水平处聚为一群,在79.2%的相似性水平上分为28个群,除一部分供试菌株与参比菌株聚在一起外,其余都独立成群,聚在一起的都是地理分布很近的菌株。供试菌株的16S rDNA用HaeⅢ、MspⅠ、HinfⅠ和TaqⅠ酶切后具有16种遗传图谱类型。供试菌株在Rhizobium、Bradyrhizobium、Agrobacterium中都有分布。16S-23S rDNA IGS PCR-RFLP分析结果表明,在52%的相似性水平上,供试菌株与参比菌株分为两个分支。在90%的相似水平上分支1分为13个群,所有供试菌株在属水平的分属情况与16S rDNA PCR-RFLP的聚群结果基本相符,且IGS分析更进一步细化,分辨率更高。16S rDNA和GSⅡ序列分析结果表明:16S rDNA和GSⅡ序列分别构建的系统发育树在属水平上基本一致,代表菌株分布于Rhizobium、Bradyrhizobium、Agrobacterium三个属,但16S rDNA序列的相似性比GSⅡ高,代表菌株间的16S rDNA序列相似性在87.7%—98.9%之间;GSⅡ序列的相似性在82.7%—90.5%之间;而代表菌株与亲缘关系最近的参比菌株间的16S rDNA序列的相似性为97.55%—99.85%,GSⅡ基因为93.71%—100%。表明了攀枝花地区葛藤根瘤菌蕴含丰富的遗传多样性。