近年来,我国公共建设项目不断增多,呈现出持续、快速的增长态势。政府部门将“代建制”作为投资项目的一种治理手段,在国内教育事业、医疗设施、公共建筑等领域进行了推广与应用。我国政府投资项目逐步采用代建制模式运作,将政府主管部门从项目建设管理职能中剥离出来,委托专业的代建单位(或项目管理公司)代理项目业主的管理职能,通过激励约束机制充分发挥项目管理公司的专业技能,在一定程度上加强了我国公共投资建设项目的工作效率和质量水平。尽管许多学者在代建制领域进行了很多有益的研究,为此类项目的实践提供了较为丰富的理论依据。然而,从治理结构角度进行研究的理论成果较少,大多数的代建制项目在进行治理结构的选择决策时通常还是依靠长期工程经验,很少有管理人员能全面考虑,进行科学、系统的分析决策。同时,因为影响代建制项目治理结构选择的因素众多,而且各个影响因素对决策的影响复杂,各因素之间也相互存在着复杂的关联,因此传统的分析方法在解决这类模糊、混沌、复杂的问题时已经稍显无力。在此背景下,代建制项目治理结构的选择决策已经成为学界和实务界关注的焦点。为此,本文通过整理、分析我国代建制项目、项目治理等相关文献,采用文本分析方法识别影响代建制项目治理效果的关键因素,并通过10个代建制项目进一步印证总结出10项关键影响因素。在此基础上,建立人工神经网络模型,以这10项关键影响因素为输入变量。并选取60个项目进行研究,由学者专家、政府相关部门人员以及代建单位人员对各项关键影响因素进行评价,以获取模型的输入数据。采用MATLAB进行人工神经网络算法的编写,通过网络模型的试算训练与比较分析得出最终决策模型。并且利用MATLAB的GUI Builder功能,编译出决策模型的用户操作界面。最后,以中国残疾人体育综合训练基地建设工程为例,对决策模型进行试算分析。试图通过本文的研究,将人工神经网络技术运用到实际的代建制项目治理结构决策工作中。