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目的研究HBeAg阳性慢性乙型肝炎(Chronic hepatitis B, CHB)患者乙型肝炎病毒(hepatitis B virus, HBV)全基因组基因变异及其与干扰素α(interferon,IFN)疗效的关系。方法PCR扩增并克隆干扰素治疗前慢性乙型肝炎患者血清中HBV全基因组DNA,测序并进行基因变异分析。结果获得干扰素治疗前慢性乙型肝炎患者来源的33株HBV全基因组DNA,它们均属于C或B基因型。与标准株相比,HBV缺失变异在B、C基因型间的发生率分别为14.3%(2/14)和63.2%(12/19)。其中,HBV pre-S2 nt19-nt56缺失突变只发生在C基因型干扰素治疗有效的患者中,发生率为15.2%(5/33),占C基因型有效病例的50%(5/10)；TP+space区6株缺失变异HBV全基因组DNA中,5例干扰素治疗无效,1例有效。HBV插入突变一例,3460bp,B基因型,干扰素治疗无效。HBV点突变结果显示：4例C基因型ntG2699T变异为干扰素有效病例,占C基因型有效病例的40%,且发生在无pre-S2缺失的病例中。因此,pre-S2缺失变异和ntG2699T变异占C基因型有效病例的90%,可作为预测干扰素应答的因素。另外,体外实验有抗干扰素作用的T1504C、A1762T、G1764AG1896A变异在本研究中对干扰素疗效无影响。TP257研究发现,B基因型的H135Y和Q176H,C基因型的N89D和K142Q/K142E可能有抗干扰素作用。结论HBV缺失变异在B、C基因型间的发生率存在显著性差异；HBV pre-S2缺失突变和ntG2699T变异与C基因型干扰素应答相关；B基因型的H135Y和Q176H,C基因型的N89D和K142Q/K142E可能有抗干扰素作用。