该文通过所测得的D-loop序列对刀鲚与湖鲚作了种下的系统发育分析,并结合RAPD数据从分子水平上对二者在遗传结构上的差异进行了研究.主要结果如下:获得了包括凤鲚和短颌鲚在内的长江口3种21尾鲚属鱼类的D-loop序列,并对序列进行了结构分析.在终止区内发现了多个ETAS重复序列,在中央保守区识别了CSB-F、CSB-E、CSB-D等保守序列,在保守区识别了CSB1、CSB2和CSB3,并发现刀鲚与湖鲚个体间的D-loop序列长度存在差异.基于D-loop序列,用5种方法构建的系统发育树表明:总体看来刀鲚和湖鲚并没有在系统发育树上聚成两支,而是以两两相聚的方式夹杂在一起,在局部上部分刀鲚与湖鲚个体出现了较明显的聚类关系.用20条随机引物对刀鲚和湖鲚共42尾个体进行了RAPD分析,没有在两群体内找到特征条带,但发现有几条带在两群体间的表达存在明显差异.通过AMOVA软件对RAPD结果进行分子方差分析,结果表明两群体的基因多样性没有区别,仅有4.41%的遗传多样性是来自群体间的,而95.59%的遗传多样性来自于群体内.以上结果表明:刀鲚与湖鲚在分子水平上已表现出了一定的差异,但这种差别正如形态结构所显示的那样并未在二者间显示出明显的界限.结合太湖形成的历史,该文认为:刀鲚和湖鲚间的生态隔离不会超过6000年,二者的变异无论是在形态特征上还是在遗传特征上均处于量变的初期阶段,远未达到质变的程度,即产生生殖隔离.由于太湖与长江间水系并不存在严格的地理隔离,因此推测二者间存在着自然的基因交流.而湖鲚应该可以看成刀鲚的一个亚种化的异质种群.