乡镇卫生院是政府举办的公益性基层医疗机构,作为我国县、乡、村三级医疗保健网络的枢纽,与人人享有基本医疗服务和社会的和谐稳定有着紧密的联系。如何建立合理、长效的补偿机制,保证乡镇卫生院健康、顺利运行,缓解群众“看病难、看病贵”问题,已成为近年来社会各界研究的热点和重点。随着新一轮医疗卫生体制改革的逐步推进,在全面建立基本药物制度,实行基药零差价的背景下,乡镇卫生院政府补偿改革成为基层医疗机构综合改革的突破口之一。本文以公共产品理论、利益均衡理论及系统论理论为研究基础,从理论层面,阐述了乡镇卫生院的补偿原则和改革思路,通过梳理国内外补偿改革的典型模式,探索乡镇卫生院的最佳补偿方式；从实践层面,采用个案研究法,系统地分析了武进区X人民医院于2010～2014年实行基药零差价后的政府补偿改革情况,综合医患双方的问卷调查和现场访谈结果,发现乡镇卫生院政府补偿改革虽然总体上取得了一定成效,但仍然存在政策设计有缺陷、政府责任不到位、医院管理不完善、医保支付不合理、配套制度不健全等诸多问题,需要进一步加以解决。结合新医改要求,乡镇卫生院政府补偿改革是一项复杂的系统工程,涉及政府、医院、医保机构等多方利益的权衡,要对补偿机制的总体设计进行反思和规划,对具体领域的操作政策进行调整和完善,将优化政策设计、强化政府责任、改善医院管理、健全医保体系以及完善基本药物、人事管理、绩效考核等配套制度综合在一起进行考虑,多管齐下、协同推进,强调科学补偿、绝不转嫁成本,从而进一步完善乡镇卫生院政府补偿改革,满足人民群众的基本医疗服务需求。