营业税改征增值税（以下简称营改增）是指将现行征收营业税的应税服务改为征收增值税，是财税体制改革的重要组成部分。交通运输业因其在国民经济中的突出地位，与生产环节密切关联，被选做率先实行营改增改革的试点行业。对交通运输业实行增值税，不仅有利于完善增值税抵扣链条，发挥增值税自我监控机制，避免营业税带来的重复征税，而且将有利于减少行业的生产成本，从而刺激交通运输业的蓬勃发展。　　自2012年实施改革以来，交通运输业在税负、绩效等多方面都受到了深远的影响。本文以我国的交通运输业上市公司为行业代表，对比分析了营改增前后交通运输业税负水平、绩效水平的变化情况，并从毛利率、可抵扣项目等方面阐述了交通运输业各子部门变化趋势的出现差异的原因，最后针对行业内部的差异提出进一步完善现行政策的建议。　　本文分析表明，营改增不仅使得交通运输业上市公司税负水平升高，而且使得其绩效水平有所降低。营改增对交通运输业税负、绩效的影响取决于税率、毛利率、可抵扣固定资产占营业收入比、营业成本中可抵扣成本所占比重等因素。正是由于上述指标存在着较大差异，改革后交通运输业各子部门的税负水平呈现出了不同的变化趋势。具体来说，基础运输业中的公路运输业因其较高的毛利率水平和较低的可抵扣项目占比使得其改革后税负大幅增加，而航空运输业和水路运输业因其较低的毛利率水平和较高的可抵扣项目占比使得其改革后税负仅呈现轻微上升甚至下降的趋势；同样地，运输辅助业中的机场辅助业改革后税负呈现上升的趋势，而港口业的税负则呈现明显的下降趋势。并且，公路运输业和机场辅助业在毛利率水平和可抵扣项目占比方面较为相似。　　基于上述分析，本文从政府、企业两个层面，分别提出了扩大进项抵扣范围、完善税收优惠政策、提高税收征管水平以及加强企业经营管理、提高企业纳税筹划意识等建议，以期推进营改增改革的顺利实施，促进交通运输业各子部门的均衡发展。