近些年来,为了优化高校内部组织结构,促进学科的交叉与融合,提高学校组织运行效率,国内部分高校陆续开展了学部制改革。学部制改革取得了一些成就,但由于学部制改革处于探索期,没有一些成熟的理论指导改革实践,所以在改革的过程中面临着一些问题和挑战,其中组织运行的效率问题就是比较突出的一个问题。高校组织运行的效率问题主要体现在三个方面：第一,高校学院设置过多,管理效率低；第二,学科组织划分过细且学科组织间壁垒森严,学术创新效率低：第三,院系间资源共享程度较低,教育资源利用效率低。为了更好的推进和完善高校学部制改革,有必要对学部制改革过程中组织运行效率进行研究。理论上讲,高校学部制改革后能够实现规模经济与范围经济,从而达到提高组织运行效率的目的。在交易成本方面,学部制改革通过学科整合、减少学术寻租、调整契约来降低交易费用,从而达到提高组织运行效率。在管理跨度方面,学部制改革通过缩小校级领导的管理跨度从而达到提高管理效率的目的。任何项改革都会有其动力及阻力,高校学部制改革也不例外。高校内部管理问题的驱动、学科融合的驱动以及学科资源整合的驱动是学部制改革的主要动力；组织内部人员的习惯和惰性、信息沟通障碍、利益调整困难、文化融合困难、管理融合困难是学部制改革的主要阻力。学部在实际运行的过程中会遇到效率低下的问题,为了提高高校学部的运行效率,需要对影响学部运行效率的因素进行了分析。经问卷调查和访谈,组织发展的目标是否明确、组织结构设置是否合理、职责划分是否明确、人员的任用与选拔是否民主、组织资源的分配是否公平是影响学部运行效率的主要因素。在此基础上从学校、学部、学院三个层面提出了三条对策建议：第一,学校应当制定明确的学部制发展规划并分步实施。在职责划分的过程中应当明确划分学校职能部门与学部的职责范围；第二,学部在人员任用和选拔方面应当采取民主透明的选拔方式。在资源分配方面应当坚持公平公正的原则,不断加大对跨学科科研成果的奖励力度；第三,学院应当理顺各自的管理权限,积极配合学部的工作,加强与学部的沟通和交流,及时的反馈信息,为学部的高校运行贡献自己的力量。