现代企业制度下,伴随着关联企业的发展,各种问题也层出不穷。关联企业存续时可能存在意思机构、人、财、物等混同、滥用关联关系将资产、债务在关联企业间转移、抵消等问题,从属企业的法人独立人格面临着受损的风险。在关联企业破产的情况下,上述可能进一步突显、恶化,从属企业、债权人甚至控制企业的权益都可能受损,这对现行公司法、破产法提出了难题。笔者认为,关联企业破产时,很难、甚至不可能严格量化以均衡各利益主体,只能最大限度地优化制度理论设计和程序设计以保护、平衡各债权人、各利益主体的利益。本文共分为四个部分:第一部分,提出问题,即关联企业破产使得现行公司法、破产法面临的困境和挑战。关联企业破产时关联企业、外部债权人、出资人等各主体利益冲突众多,现行破产法及公司法不同程度的陷入困境。第二部分,介绍、分析实质合并破产的理论支撑及制度价值。关联企业破产的理论与实践经历了从“企业实体理论”到“企业法理论”的发展,公司法人人格否认制度、从属求偿原则、实质合并原则均立足并发展于实体法和企业法理论。公平清偿债权人以及实质公平是破产制度的首要追求,效率原则因体现着实质公平而逐渐被重视。第三部分,探索关联企业实质合并破产的适用条件。首先,合并破产的适用主体为符合特定条件的关联企业。其次,合并破产适用的参考因素包括法人人格高度混同、资产难以分离、债权人的利益平衡以及中介第三方的声明等。最后,排除适用情形主要探讨了谨慎适用原则以及两种排除适用的具体情形。第四部分,结合理论及实践,探讨关联企业合并破产的具体程序设计及操作问题。在具体程度上,关联企业合并破产程序需考量程序启动模式、合并破产申请主体、管辖法院确定、举证责任分配、管理人指定以及工作的移交等问题。关联企业实质合并破产启动模式有“先行合并、再行破产”等三种情形。实质合并破产的申请人包括债权人、债务人以及管理人。在管辖法院的确定上,可采取“利益中心说”与指定管辖相结合的方式。在债权人申请合并破产的情况下,举证责任如何承担尚值得探讨。人民法院应根据关联企业破产的实际情况确定管理人。各关联企业管辖法院之间的配合,工作的有效移交有利于合并破产的统一、有序进行。