目前，运用理论化学计算研究生物酶催化反应机理的方法已经比较成熟，并且已经有了很多采用B3LYP泛函计算酶促反应机理的成功例子。其结果在精度允许范围内与实验结果吻合的比较好。但对于某些体系，B3LYP方法仍具有较大的误差，例如对于双铜络合物和钴胺素依赖酶的计算。最近的研究表明，B3LYP方法中范德华力效应的缺失是这个问题的主要根源。在本文中，我们采用了两种计算策略研究异天冬氨酰二肽酶催化反应的机理：1.利用B3LYP方法（无范德华力校正）优化驻点结构，然后用Grimme经验方法(DFT-D3)做范德华力单点能量校正。2.使用B3LYP-D3方法（包含Grimme范德华力校正）优化驻点结构，并计算驻点能量。我们发现，基于一个169个原子的活性中心模型，这两种计算策略可以得到一致的结果与结论。这表明，对于未来的其它金属酶的机理研究，这两种计算策略都是可行有效的。对于一个更小的147原子的模型（无Arg233残基），两种方法的结果并不一致。这表明一个正确模型的建立比这两种计算策略的选择更为关键。因此，这两种计算策略是否得到一致结果，可以作为评判活性中心模型有效性的新标准。本文也将深入讨论IAD酶的催化机理细节，尤其是Arg233残基的作用与功能。