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普通小麦（T．aestivum）为异源六倍体（AABBDD），基因组庞大(1.6×1010bp)，重复序列多（约90％），发掘、克隆小麦新基因意义巨大。全长cDNA文库中绝大多数克隆不仅包含完整的阅读框架，还拥有5′和3′端的非编码区，是进行功能基因组学研究的一条有效途径。 在引进、消化吸收的基础上，我们对Cap-trapper法做了一些具体的改进，形成了一套简单易行的技术体系，建立了我们自己的全长cDNA文库构建技术平台。利用改进的Cap-trapper法，分别构建了乌拉尔图小麦（T．urartu）A基因组，拟斯卑尔脱（Ae．speltoides ssp speltoide）S基因组和粗山羊草（Ae．squarrosa ssp strangulata）D基因组的全长cDNA文库，库容量达到了106，重组率超过95％，文库中全长基因的比例分别为70％、89.6％和70％。基因功能注释表明，在得到的2089个基因中，有1584个基因为全长基因，1346个为小麦全长新基因，其中A基因组569个，S基因组有553个，D基因组468个。 密码子使用的偏爱性是在生物长期进化历程中逐渐形成的，影响偏爱性的因素有多种，如G+C含量，基因表达水平，基因的长度，tRNA的丰度等等。我们以得到的2089个基因为考察对象，对小麦中密码子使用的偏爱性进行了分析，统计结果表明A、S、D三个基因组间密码子使用偏爱性没有差别，但单个基因组中密码子使用偏爱性明显，如AAG（Lys），GAG（Glu），GCC（Ala）使用频率超过了35‰，GCC（Ala）的使用频率甚至超过了45‰；另外，还有3种密码子的使用频率超过了30‰，12种密码子的使用频率超过20‰。通过与水稻中密码子使用的偏爱性比较，我们发现在拥有4～6个同义密码子的氨基酸中，水稻和小麦在优先使用密码子方面存在明显的不同，水稻中优先使用密码子的末尾碱基倾向于U和C，而小麦中则倾向于G和C。 比较基因组学是基因组学研究的重要内容，通过进行不同层次的基因组比较，不仅可以了解不同物种的基因及基因组在结构、功能以及表达调节方面的差异，而且有助于揭示物种的起源和进化的动力。我们利用分子进化的分析方法，以测序得到的22个基因为考察对象，通过构建基因进化树来探索小麦A、S、D三个基因组的相互关系。统计结果表明，来自A、D基因组的基因间亲缘关系普遍较近，而与S基因组的关系相对较远。用EST进行的验证分析也得出了同样的结果。这一结果在之后的SNPs分析中也得到进一步验证。 SNPs具有数量多，分布广，高度稳定，适于快速、自动化检测，应用前景广阔等特点，因而倍受青睐。我们以测序得到的2089个来自小麦不同基因组的基因序列为源序列，利用AutoSNPsFinder软件，从Genbank中小麦EST库中检测到1296个SNPs，开辟了一条通过单基因组测序发掘小麦SNPs的有效途径。在所得的SNPs中，有397个自A基因组，322个来自S基因组，420个来自D基因组：另外，A和D基因组共同的SNPs有154个，A和S，S和D，A和S和D基因组共有的SNPs各仅有1个。分析表明小麦中碱基平均变异率为0.914‰，与大豆中的研究结果（0.97‰）非常接近，而与玉米中的研究结果（6.3‰）相差较远。