1937年抗战爆发,国土沦陷,民生动荡。东部与中部高校相继被迫西迁。在民族危难之时,华西协合大学接待了金陵大学、金陵女子文理学院、齐鲁大学、燕京大学四所教会大学,使历经战火流离失所的师生终于在大后方觅得一块相对清静的治学之地。华西坝亦因四所教会大学的到来,成为教会大学内迁形成的极负盛名的中心之一。战争时期资源短缺、物价上涨。面对办学经费、师资短缺的困境,五校实行联合办学,在多方面进行了合作。在校舍、教学设备方面,在原址办学的华西协合大学通过合用、租借、再建等多种方式为内迁教会大学提供校舍并共用实验仪器、图书设备；在课程上,实行校际自由选课,允许学生跨校选课,并承认校际选课修读的学分；在教学方面,实行联合教学,根据师资各有所长的特点,整合各校课程,减少重复设课,节约办学费用；在教学行政管理方面,实行联席会议制,定期召开各级联席会议共商校务；在学术科研方面,通过联合举办讲座、合作办刊、联合创立研究机构、合作开展科学实验等多种形式进行交流合作；在校园活动方面,五校联合举办五大学联合运动会等多项活动。通过紧密地相互合作,五校不仅保持了正常的教学秩序,而且各校办学规模不断扩大。在校生人数逐步增加。各校结合抗战需要,开设了新课程并增设了新的系科和研究机构。五校学者亦笔耕不辍,致力于研究,不断有科研成果问世。华西坝教会五大学联合办学取得成效,与基督教精神的纽带作用、内迁各校有效的学生管理与教育工作、五校对彼此独立性的尊重是分不开的。华西坝教会五大学在抗战时期弦歌不断,联合办学成果卓然,为提高当地民众的科学文化素质和健康水平,推动当地经济发展,支持抗战起到了很大的作用。此外,华西坝教会五大学联合办学的成功,对我国当前高校的联合办学亦具有历史借鉴意义。