鸡CALB1基因的SNPs检测及其与蛋品质的关联分析

来源 :山东农业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:hfrr0828
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蛋壳品质是蛋禽的重要经济性状。钙结合蛋白是机体内调节钙离子转运的重要蛋白,CALB1,即Calbindin-D28k,是Ca BP的一种位于胞浆中可溶性蛋白质,可与Ca2+相结合,直接调节Ca2+转运,介导调节参与Ca2+的多种生理功能。本试验以济宁百日鸡为试验材料,搜集了43周龄母鸡所产鸡蛋560枚,测定了蛋重、蛋形指数、蛋壳厚度、蛋壳强度、蛋壳重、蛋黄重、蛋白重、蛋白高度、蛋黄颜色、哈氏单位、蛋壳比率、蛋黄比率、蛋白比率等蛋品质指标,检测了CALB1基因5’调控区SNPs,并将其与蛋品质性状进行关联分析。主要研究结果如下:(1)济宁百日鸡平均蛋重为44.04±0.15g、蛋壳厚度为0.31±0.03mm、蛋壳强度为38.13±0.29N/cm2、蛋形指数为1.31±0.00,哈氏单位为61.17±0.30。蛋壳比率、蛋黄比率和蛋白比率分别为9.90%、37.60%和52.52%。蛋形指数的变异系数最小,为4.06%;蛋壳强度和蛋白高度的变异系数最大,均超过了15%。变异系数在5%~10%的性状有蛋重、蛋壳比率、蛋白比率和蛋黄比率。其余性状的变异系数在10%~15%之间。蛋重与蛋壳重、蛋黄重和蛋白重呈强正相关,相关系数0.60、0.61和0.85(P<0.01)。蛋壳强度与蛋壳厚度、蛋壳重呈中等程度正相关,相关系数分别为0.40、0.50(P<0.01);蛋壳强度与蛋壳比率呈强正相关,相关系数为0.58;哈氏单位与蛋白高度呈强正相关,相关系数高达0.92(P<0.01)。(2)本试验采用560只济宁百日鸡所产鸡蛋,在CALB1 5’调控区共检测到25个SNPs位点,多态性较为丰富,其中16个低度多态(PIC<0.25);9个位点中度多态(0.25<PIC<0.5),分别为-958、-919、-751、-735、-710、-664、-614、-541、-516,有效等位基因数分别在1.40~1.97之间。25个多态位点中,有10个位点(-958、-751、-735、-710、-689、-664、614、-541、-516、-425)显著偏离哈代-温伯格平衡(P<0.05)。(3)共检测到10个SNPs对蛋品质影响显著。其中,-949、-879、-725、-682、-541、-516共6个SNPs位点对蛋壳品质影响显著。-725位点显著影响蛋壳厚度,AA型比AG型厚了3.33%。-682位点对蛋壳比率有显著影响,CG型蛋壳比率比CC型高出了4.04%。4个位点(-919、-879、-541、-516)显著影响蛋形指数。不同基因型的蛋形指数相比,-919位点CT型比CC型、-879位点CT型较TT型、-541位点CC型比CG型、-516位点GG型比AG型分别高了2.33%、3.13%、2.31%和1.54%。-541和-516两位点连锁,构建单倍型发现单倍型GA和CG之间还存在显著的互作效应(P<0.05),蛋形指数减小0.03%。(4)利用Ali Baba 2.1在线软件,预测了显著影响蛋壳品质的6个多态位点在突变前后的转录因子结合位点的变化,发现-879位点C→T突变使该位点结合的转录因子由RAP1变为C/EBP;-725(A→G)位点突变前后结合位点都是GCN4和AP-1;-682位点(C→G)突变前转录因子仅为Sp1,突变后为Sp1和RAP1;-516位点A→G突变使该位点转录因子由GR转变为GATA-1。结合的转录因子的改变,可能会影响CALB1基因的表达水平。使用Meth Primer 1.0对5’调控区1040bp的区域进行甲基化预测,发现在该区域中存在一个Cp G岛,-293、-290、-284、-267、-248和-132共6个位点位于该区域中,显著影响蛋壳品质的6个多态位点不在该Cp G岛中。综上所述,济宁百日鸡蛋重小,蛋壳强度高,尤其是蛋黄比率高,蛋壳强度、蛋白高度等多数蛋品质性状的变异程度较高。在CALB1基因5’调控区共检测到25个SNPs,-919、-879、-725、-682、-541和-516位点对蛋壳品质有显著影响。
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