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合浦珠母贝广泛分布于中国、日本、印度、澳大利亚等国的热带和亚热带海区,是生产海水珍珠的主要贝类,具有极高的经济价值。本研究利用FIASCO法构建了合浦珠母贝的基因组微卫星富集文库,并设计引物进行PCR筛选,获得9个多态位点。利用这9个多态位点,对中国的野生和养殖合浦珠母贝群体以及中国、日本、澳大利亚的合浦珠母贝群体的遗传多样性和遗传分化进行了分析,目的是为合浦珠母贝的种质资源保护和遗传选育提供基础资料。1.用FIASCO法构建的合浦珠母贝基因组微卫星富集文库中共有近2000个单菌落,随机挑选1289个克隆用探针引物（CA）15和载体引物进行第2次筛选,获得阳性候选克隆357个。测序结果表明,297个克隆（83.2%）含有明显的微卫星重复单元,通过序列比对分析,最终获得了280个具有特异微卫星序列的阳性克隆,共含有479个微卫星结构域。获得的微卫星序列长度范围是119-787bp,平均为408bp。其中两碱基（CA/GT）n重复单元出现的次数最多,占所有分离的微卫星数目的76%,此外还发现（AG）n、（AT）n、（GC）n、（CAA）n、（AAG）n、（ATT）n、（CCT）n、（ATTT）n、（GTTT）n、（CAGA）n、（GAGT）n、（CCGT）n、（GGGT）n、（CAAAA）n等多种重复类型,共占分离微卫星数目的24.0%,平均每种占1.7%。在获得的479个微卫星位点中,完美型微卫星370个,占77.3%;非完美型95个,占19.8%;复合型14个,占2.9%。用引物设计软件Primer premier 3.0设计引物219对,合成49对,筛选出31对有效扩增的引物,种群扩增获得9个多态位点,多态位点比例为29.03%。2.对我国北海野生与养殖群体、大亚湾野生与养殖群体、三亚野生与养殖群体进行PCR扩增后发现:6个群体在9个多态位点共检测出44个等位基因,每个位点的等位基因数从2-9个不等。平均期望杂合度和平均观察杂合度分别介于0.590-0.649和0.393-0.516之间。平均多态信息含量P/C值在0.530-0.586之间。平均杂合子偏离度D值均为负,表明6个群体存在一定的杂合子缺失现象。Hardy-Weinberg平衡的卡方检测发现,在所检测的54个数据中（6个种群×9个位点）,有40个偏离遗传平衡状态。两两群体之间的遗传分化指数介于0.002-0.012之间,并且大部分差异显著。AMOVA分析表明,94.59%的遗传变异存在于群体内,群体间的遗传变异仅为总变异的5.41%。研究结果表明,6个群体的遗传多样性水平都比较高,适合进行遗传选育。3.中国、日本、澳大利亚合浦珠母贝群体遗传多样性的微卫星分析表明:北海群体、大亚湾群体、三亚群体、澳大利亚群体和日本群体的平均等位基因数分别是4.889、4.889、4.889、4.000和4.111;平均期望杂合度分别是0.592、0.605、0.649、0.575、0.564;平均观察杂合度分别是0.400、0.516、0.485、0.390、0.433。Shannon多样性指数分别是1.131、1.177、1.251、1.028、1.025;平均多态信息含量PIC值分别是0.530、0.545、0.586、0.498、0.483,表明日本和澳大利亚群体的遗传多样性低于中国群体。Hardy-Weinberg平衡的卡方检测发现,大多数位点偏离平衡状态（34个）。两两群体之间的FST值在0.010-0.075之间。除北海与大亚湾群体之间、北海与三亚群体之间差异不显著外,其余两两之间差异极显著。AMOVA分析表明,96.22%的遗传变异存在于群体内,群体问的遗传变异仅为总遗传变异的3.78%,但群体间遗传分化显著(FSC=0.038,P＜0.001)。将5个群体分成中国、日本、澳大利亚3组后发现,组问的遗传变异仅为总变异的3.04%,但组间差异并不显著(FCT=0.030,P=0.104)。两两群体间的遗传距离为0.062-0.269。UPGMA系统树显示,北海群体单独为一支,其他4个群体为一支。结果表明,5个群体之间的遗传分化水平较低,其遗传隔离与群体之间的地理间隔无关。