草原畜牧业是内蒙古自治区的主要支柱产业之一。但从目前我国经济发展总体情况来看,草原畜牧业是我国最为落后的产业之一,牧民是我国生活最艰苦最贫困的群体之一。畜牧业作为一个弱质产业,牧民作为一个弱势群体,亟待社会和政府的关注与支持。内蒙古自治区是我国北疆生态系统的前沿阵地,随着草原生态经济系统的退化,国家实施了“围封转移”、“休牧禁牧”和“退牧还草”工程,这些对草原生态的恢复有益,但却不能解决牧民的增收问题。国家给农区农民的各项补贴是激励性的。而目前给牧区牧民的补贴是属于被动性补偿性补贴。牧民是为草原生态的恢复做出了牺牲,付出了代价,而牧民生活水平日益下降,畜牧业生产举步为艰。本文立足于内蒙古草原现状,从牧区畜牧业入手,参考农业补贴和农民直接补贴的政策和方式来研究内蒙古自治区牧民的补贴政策问题。在应用经济学原理对草原畜牧业补贴问题加以分析的基础上,横向比较农业补贴政策与畜牧业补贴政策,来探索保护草原生态,提高牧民生活水平及促进畜牧业发展的解决办法。同时根据内蒙古草原牧区政策制度变迁中的时间序列数据,运用经济分析软件Eiews中最小二乘法,探讨制度变迁对草原畜牧业的发展以及草原生态产生的影响;应用logistic模型,根据入户调查的微观数据,对牧民补贴意愿进行分析,从而间接反应补贴产生的效果,进而预测补贴的方式和方法。最后,对草原畜牧业的补贴提出相关政策建议。