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酥瓜（Cucumis melo var.conomon Group）是葫芦科甜瓜属甜瓜种薄皮甜瓜的一个变种,品种丰富、性状差异大,具有独特“酥脆”风味。酥瓜种植主要集中在江淮平原,少量分布于其他地区。为了明确酥瓜品种之间的亲缘关系,选育优良品种,有必要对酥瓜种质资源进行分类定位、系统分析。本研究从我国江淮流域收集到104份酥瓜种质,通过运用RAPD、ISSR和SSR三种分子标记方法对其进行聚类分析,以明确种质间的亲缘关系。主要研究结果如下:（1）以改良的CTAB法提取酥瓜基因组DNA,建立了适合酥瓜RAPD-PCR反应体系:在25μL反应体系中,含有引物0.8μmol/L、dNTPs 0.3μmol/L、Taq DNA聚合酶1 U、Mg2+0.5 mmol/L、DNA模板30 ng。酥瓜ISSR-PCR反应体系:在20μL反应体系中,含有引物0.2μmol/L、dNTPs 0.3 mmol/L、Taq DNA聚合酶1.2 U、Mg2+1.0 mmol/L、DNA模板70 ng、10×Buffer 2.0μL。酥瓜SSR-PCR反应体系:在20μL反应体系中,含有引物0.4μmol/L、dNTPs 0.2mmol/L、Taq DNA聚合酶0.5 U、Mg2+1.0 mmol/L、DNA模板30 ng、10×Buffer2.0μL。此三种优化好的体系是分析评价酥瓜种质资源的遗传多样性的基础。（2）从98条引物中,根据其多态性比例筛选出33条具有较高多态性的引物,17条RAPD引物检测到85个多态性位点,10条ISSR引物检测到50个多态性位点,6条SSR引物检测到60个多态性位点,共计195个多态性位点进行遗传学评估。其中SSR08引物的GD最高（0.9826）,ISSR823最低（0.2933）,平均值为0.6583。33条引物的PIC值范围为28.67%（RAPD18）至98.23%（SSR08）,平均为63.12%。33个标记中有15个具有高效性（PIC>0.7）。（3）收集到104份酥瓜种质,并通过聚类分析分为五个主要类群。其中第I类群和第II类群仅包含一份品种,分别为H14和H29;第III类群由五份品种（H11,H13,S8,S13,S39）组成;第V类群包含F1-7和F2013,GF,H39和S48共11份品种;剩下的86份组成了第IV类群,代表了来自江淮地区广泛类群。S26和S27之间的最小遗传距离值为0.2121,表明它们是最相似的种质,其次是F1和F2之间的0.2424,而H14和H7,H38,S29,S30,S46在遗传上最不相似,遗传距离为0.9697。