日益繁荣的资本市场能够为市场中的投资者带来大量与其决策有关的信息，而财报是信息的载体之一。通过分析财报，可以看出一家公司目前的状况，并分析出未来走向。财务报告中不仅包括企业分配和运营的信息，还包括企业资金来源及运作信息，使用者可以利用这些信息进行合理的决策，因此财报质量的好坏与信息使用者利益的多少息息相关。为了维护利益相关者的权益，我国规定企业必须将财报提交给注册会计师审计并出具审计报告，最后将这些年度报告一起提供给外部使用者。人们能够利用审计报告判断出某公司财报的可利用程度，非标意见意味着利益相关者需要谨慎对待财报信息。不仅如此，非标意见的出具也会对公司的形象等方面造成一定的影响。由此可见，审计报告中的信息十分重要，对审计意见进行研究具有非常重要的意义。　　良好的内部控制机制能够有效帮助上市公司及时防止、制止、优化内部存在的危机，上市公司内部机制出现漏洞是其财报被出具非标意见的原因之一。从国内外不断发生的上市公司财务重大舞弊事件中可以看出，许多上市公司的内部控制机制和公司治理机制并没有达到本该有的支撑控制效果。随着国内外诸多关于内部控制方面法律法规的出台，学术届开始重视对内控缺陷问题的讨论，上市公司内控体系和公司治理的关系也成为学术界的热门研究模块，符合我国加强内部控制体系和公司治理机制的要求。探究内控缺陷和公司治理对财报质量的影响，能够为如何指引企业长远发展，提高资本市场的健康性开辟新思路。因此本文的研究是非常具有价值的，能够帮助上市公司意识到从实质上遵守国家在这两方面指定的法律法规的重要性，捋清思维，明确方向。　　本文以此作为契机，在分析国内外有关的研究文献后，以委托代理理论、信息不对称理论、控制论以及不完全契约理论作为本文的理论研究基础，探究内控缺陷、公司治理和审计意见三者的关系。本文先从理论上分析了审计意见的概念与类型、内控缺陷的概念与类型、公司治理的概念与影响因素以及三者的关系，之后以内部公司治理作为中间变量，分别从股权制衡程度、董事会规模、独立董事比例以及监事会规模四个方面来研究其对内控缺陷和上市公司财务报告非标准审计意见正相关关系的影响。本文对于两者关系的界定更加同意契合论的观点，觉得它们是有重合之处的两个部分，内部控制和公司治理的有相类似的效果，但在很多方面也有自己的特点，它们是一种彼此涉及的关系，两者的内容里既存在相同的部分，也存在单独一方所特有的部分，两者既有共同的目标，也有各自独有的存在意义，两者对公司整体的贡献既有重合的部分，也存在各自特有的部分。当公司存在内部控制缺陷时，良好的治理结构可以成为内控体系的替代机制，弥补内控体系的不足，降低财报被会计事务所出具非标准审计意见的可能性，而不合理的公司内部治理结构则会加大财报存在问题的风险，提高其不被审计师认可的概率。鉴于此，本文以沪深A股主板在2012年到2016年对内控缺陷进行披露的上市公司为样本，本文首先构建内控缺陷与审计意见关系的有关模型进行探究，然后再构建股权制衡程度、董事会规模、独立董事比例以及监事会规模和审计意见关系的模型进行研究，最后再以股权制衡程度、董事会规模、独立董事比例以及监事会规模作为中间变量，构建有中间变量与主变量交乘项的模型研究中间变量对内控缺陷和非标意见正相关关系的影响，之后实证分析三者之间的关系。为了消除交乘项与主变量可能存在共线性所造成的影响，本文在研究中间变量对内部控制缺陷和上市公司财务报告非标准审计意见正相关关系影响模型的时候，在相关数据进行多元回归检验之前对数据进行了中心化处理，并根据经过中心化处理后的数据得出相应的分析结果。最后本文根据总结出来的结论，提出相关的政策建议。