石磺科(Onchidiidae)属软体动物门(Mollusca)，腹足纲(Gastropoda)，有肺亚纲(Pulmonata)，缩眼目(Systellommatophora)，为栖息于滩涂及红树林地区的一群潮间带和潮上带贝类，广泛分布于除极地外的世界各地，包含100多个物种。本论文采用线粒体16S rDNA和细胞色素c氧化酶亚基I（Cytochromeoxidase subunit I，CO I）基因分析了里氏拟石磺和平疣桑椹石磺的群体遗传多样性及遗传结构，并对其群体分化，遗传结构的产生原因进行了推断。本论文的实验结果如下：1、采集中国沿海及泰国普吉岛里氏拟石磺共187个个体,其中广东湛江(ZJ)=30、广西东兴(DX)=28、北海(BH)=30、浙江苍南(CN)=31、福建宁德(ND)=10和海南东寨港(HN)=18、海南文昌(WC)=23、泰国普吉岛(TH)=17。对其16S rDNA比对剪接获得一个372bp的同源序列，包括变异位点56个，其中单变异位点40个，简约信息位点16个。群体平均的T、C、A、G碱基含量分别为30.7%、16.2%、30.0%和23.1%，A+T含量（60.7%）明显高于C+G含量（39.3%）。16SrDNA标记显示里氏拟石磺群体具有高的单倍型多样性和核苷酸多样性（0.873±0.017，0.0069±0.0005），东兴（DX）群体具有最高的核苷酸多样性指数（π）和单倍型多样性指数（h），而泰国普吉岛（TH）群体h值和π值均为群体中最低。分化固定指数（Fst）、基因流（Nm）、遗传距离及单倍型网络图显示，TH群体与中国群体显著分化，其次，BH和DX群体也检测到与其他群体存在一定程度的分化。BH和DX群体为随机交配群体（Nm>4）。遗传距离模式（IBD）检测显示，群体分化不符合距离地理隔离模式。TH群体与中国群体的分化原因，推测为两者属于异域分布类群，由于长时间的地理隔离导致。BH和DX群体与其它群体存在一定程度差异的原因，推测可能为两群体分布于北部湾，北部湾呈半封闭海域，具有独特的水文状况和生活环境；里氏拟石磺自由生活的面盘幼虫期较短，幼体、成体迁移能力均较弱，两者共同导致差异的产生。2、通过对CO I序列分析，研究了中国沿海及泰国普吉岛8个里氏拟石磺群体的遗传结构，其中福建宁德(ND)=10、广东湛江(ZJ)=30、广西北海(BH)=28、广西东兴(DX)=25、海南东寨港(HN)=12、海南文昌(WC)=15、泰国普吉岛(TH)=20、浙江苍南(CN)=31，171个样本中共检测出单倍型101个，117个多态性位点，里氏拟石磺具有高的单倍型多样性（0.974±0.005）和核苷酸多样性（0.03218±0.00132）。分子方差分析(AMOVA)表明，50.99%的变异存在于群体间，49.01%的变异发生在群体内。群体间遗传分化固定指数（Fst）、基因流（Nm）及遗传距离分析表明，里氏拟石磺已明显分化为显著的遗传结构。遗传距离模式（IBD）检测显示出，里氏拟石磺群体的遗传距离与地理距离之间不存在明显的线性关系。历史动态检验推断，湛江（ZJ）、苍南（CN）、东寨港(HN）、文昌（WC）及普吉岛（TH）群体可能经历过历史上的群体扩张事件。中国沿海群体扩张时间推测为0.725MaBP～0.781Ma BP，泰国普吉岛群体约为0.035MaBP，两者可能伴随更新世间冰期的气候变暖、冰川消融、海平面上升发生。3、采集中国沿海5个地区的平疣桑椹石磺，共计84个个体,其中福建厦门(XM)=20、广东湛江(ZJ)=16、广西三娘湾(GX)=17、浙江苍南(CN)=20、海南东寨港(HN)=11，16S rDNA和CO I标记均显示平疣桑椹石磺高的单倍型多样性（h）和核苷酸多样性（π），两个标记基因分别定义了13个单倍型，40个多态位点和41个单倍型，117个多态位点。CO I标记基因较16S rDNA，检测到了更丰富的多态性。总体来说，CN群体h值和π值均较高，其次是HN群体。16S rDNA和CO I标记的Fst值及遗传距离均显示，HN群体与大陆群体的发生显著的遗传分化，其次是CN群体也显示出与其他群体的差异性。与里氏拟石磺相比平疣桑椹石磺GX群体并没有与其他群体发生显著的差异。平疣桑椹石磺除能在滩涂生存外，还可在红树林及岩石生活，而里氏拟石磺需要生活在湿润的滩涂地区，推测两者的不同的生存适应能力可能是其差异的原因。单倍型网络图及谱系进化树显示，HN群体与CN群体拥有共同的单倍型，HN群体拥有两种高度分化的单倍型。Mantel检测显示，群体分化不符合距离地理隔离。中性检验及历史动态分析均未检测到平疣桑椹石磺发生物种水平上的扩张，据此推测，HN群体可能存在两套遗传谱系信息，其中一套为HN群体所特有，与大陆群体高度分化，另一套与CN群体有较近的亲缘关系，HN群体极可能被人为带入到CN地区，并在长期的进化中与HN地区逐渐产生了一定的差异。ZJ和GX群体可能经历过瓶颈效应。AMOVA分层分析较认可，HN群体为一个组群，CN群体一个组群，其余群体为一个组群的遗传结构。XM群体CO I基因检测到发生过群体扩张，扩张时间大约距今1200000年前，可能伴随更新世冰期与间冰期的气候变化发生。