农村信用社发展至今已经到了一个新的阶段,组建农村商业银行既可以解决当前商业性经营和政策性支农之间的矛盾,又可以增强农村信用社的综合竞争力。近年来,我国农村信用社内部控制建设方面采取了一系列措施,取得了一定的成效,但是由于农村信用社外部环境和内部环境的不完善,导致内部控制体系存在缺陷。本文通过历史分析法分析内部控制理论的发展；通过统计分析余杭区农村信用社金融数据,剖析余杭区农村信用社的内部控制失效案例,并结合对金融机构相关人员的访谈,对余杭区农村信用社内部控制存在的问题进行了详细的分析和论述。余杭区农村信用社在内部控制5个要素上都存在一定的不足,分别是：内部控制环境基础薄弱、内部控制制度不健全、风险评估缺位、信息与沟通机制不健全以及内部监督流于形式。在问题分析的基础上,对余杭区农村信用社的未来内部控制建设提出了相应5个方面的对策,分别为：在内部环境方面探索合适的发展模式、完善治理结构、改革内审体制、科学开展人力资源建设和加强文化建设；在风险管理方面成立专门的风险管理部门、完善现有的风险评估手段和内容；在内部控制方面加强制度建设,做到权责分明、加大内控管理规章制度的执行力度、要加强各岗位之间的相互约束以及加强人员培训；在信息沟通系统上成立信息管理团队、跟进先进的系统设备、完善外部信息反馈渠道；在内部监督上则首先要思想上重视,然后加强监督检查,加大责任追究力度、加强岗位约束和行为排查、建立问题及时纠正、持续改进制度。