金融机构的特殊性源于金融体系的特殊性，金融机构的公司治理与金融监管休戚相关。本文将金融监管作为公司外部治理的一部分，着力分析金融机构公司治理的特殊性。本文同时以中国上市商业银行为例，研究中国金融机构公司治理的相关特点。文中所提出的金融监管内生化概念，当且仅当金融机构的外部监管与内部监督相匹配时才能达成。达到金融监管内生化的途径有两个：1.完善的全球化监管体系（由上而下）。2.金融机构公司治理层面的风险监控体系（由下而上）。由于第一途径实施的现实困难，本文侧重说明的正是第二种途径。在金融监管层面，本文分析了国际国内监管逻辑的演变以及监管手段的变迁，厘清了金融监管策略的源流与发展。在金融机构治理层面，通过构建数理模型，分析了国有股权控股下职业经理人行为模式以及双重委托导致的“所有人缺位”问题。本文发现国有控股商业银行职业经理人有优先实现政策目标而非经济目标的倾向；由于双重委托问题导致的“所有人缺位”，这使得委托代理链条过于复杂化。综合国有股权的这两个特点，本文认为：当前国有股权对匹配外部监管与内部监督可以发挥积极的意义。针对委托双重委托的复杂性，及政策目标强激励，国有股权通过特定的激励安排，能够更快的将政策目标落实到企业层面，保证金融体系的稳定性。国有股权不啻是金融监管内生化一个潜在的匹配主体。为了研究金融内生化对公司绩效的影响，本文构建了金融机构治理的指标体系，试图将外部金融监管、内部监督，外部监管与内部匹配的路径纳入到统一的框架下进行探讨，以期在现有机制中找到金融内生化的工具。研究发现，银行业监事会的监督能力要强于独立董事；现存监管指标如资本充足率（CAR）、不良贷款率（NPL）对商业银行绩效影响极为有限；高管薪酬激励效果远不如股权激励，因此未来类似于股权激励的“或有资产”激励机制会成为一个很好的金融内生化工具；规模效应在银行业中的优势凸显，董事会规模对企业业绩的影响尚不明显。本文最终展望了金融监管指标内生化的图景，试图讨论金融监管结构纳入公司治理结构的可能性。本文认为：通过构建新的治理系统，潜在的系统性风险将变得可控。只有完善的实时金融机构监控，辅之以金融机构业务的清晰界定，才能更好的应对当前“金融危机”规模的系统失败。