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来自青藏高原及其周边地区的丽江云杉(Picea likiangensis)、青扦(P.wilsonii)、紫果云杉(P. purpurea)和雪岭杉(P. schrenkiana)四种云杉具有很近的亲缘关系,根据形态学和质体DNA序列证据所确定的四种云杉的系统关系相互冲突,暗示紫果云杉可能是丽江云杉和青扦的二倍体杂种。要了解并解决这一冲突,我们可能需要借助埋藏着深层历史变迁信息的核基因序列,并结合多种分析方法。到目前为止,对青藏高原地区树种的研究很少采用核基因序列变异。本文选取16个核基因位点的序列变异来研究四个物种的历史变迁。四个物种由16个核基因位点所展现的核苷酸多样性中,雪岭杉的沉默核苷酸多样性非常有限,而其它三个青藏高原云杉物种则呈现高于诸如欧洲云杉等分布范围更北、更广的其它针叶树种的沉默核苷酸多样性。对核基因序列的溯祖模型分析表明,本文所研究的三个QTP云杉物种要么符合标准中性模型(丽江云杉和青扦),要么符合群体增长模型(紫果云杉),而如欧洲云杉等分布范围更北的云杉物种则遭受过严重的瓶颈期。另外,本文还进行了以模型为基础的遗传结构分析(model-based inference of population structure) (Structure)、隔离-迁移模型分析(isolation-with-migration model, IM model) (MIMAR),并利用有关基因渐渗(introgression)影响遗传多样性分布的最新理论研究成果,来检验紫果云杉是否是丽江云杉和青扦的二倍体杂种。在应用Structure软件对种群结构进行的以模型为基础的推断分析中,来自青扦、雪岭杉和丽江云杉的大多数个体聚集成以物种为主导的三个类群,而紫果云杉则散布在三个类群及其之间,并倾向于以雪岭杉为主导的类群。与Structure分析结果相一致,IM模型分析显示紫果云杉和雪岭杉的分化时间要短于青扦和丽江云杉与雪岭杉的分化时间。综上所述,紫果云杉并非青扦和丽江云杉简单的二倍体杂种,而是具有可能涉及多个物种的复杂起源。