我国西南地区具有广袤的岩溶地貌特征,岩溶水是该地区工业及居民生活的主要用水来源。然而由于垃圾堆放,废水乱排现象突出,严重污染了该地区的地下水系统,岩溶地区由于复杂的地形条件,如何快速高效的检测该地区的地下水污染,探索其污染源头,成为保护和控制该地区污染的重点。本文通过现场调查,采样检测,结合高通量测序及微生物多样性和引物特异性分析等方法,探索微生物源示踪技术的实用性,从而为后续的污染水域利用、微生物源追踪方法进行污染源的快速追踪奠定一定基础。本文的主要研究内容和结果如下:(1)研究区域存在明显的抗生素污染,抗生素抗性基因(Antibiotic resistance genes,ARGs)的丰度较高,且与抗生素浓度具有正相关性。(2)岩溶水系统中,微生物群落的分布和环境因子密切相关,其中变形菌(Proteobacteria),拟杆菌(Bacteroidetes)作为优势菌群,可以从中筛选微生物源追踪的主要指示菌,从而设计更加高效敏感的引物进行污染源追踪。(3)通过PCR的敏感性和特异性实验,筛选出了能够有效利用SulⅡ、ermF、BlaOXA-1、rpoC的基因来进行微生物源追踪研究,通过对岩溶地下水河流流向、环境因子、微生物群落分析和微生物源追踪来判断,研究区域的污染源(主要研究抗生素污染)来自于污水处理厂的排放。