绿色税制,是以法治推动我国生态文明建设的重大举措。2018年1月,《环境保护税法》正式实施,“费改税”使税收法定原则得到了进一步贯彻,也让我国迎来了环境保护的全新局面。但由于我国《环境保护税法》与排污费征收管理制度基于“税负平移”的承继关系,导致了该法在实现其立法目的时存在一定的不足。开征两年以来,各种问题也逐渐显现。基于税收征管层面,特别是征管协同机制,《环境保护税法》及其实施细则规定不尽完善,各地补充实施细则关于此方面规定的缺失,使得各地税务部门和环保部门共同参与的新征管机制没理想中那么协同。就立法现状而言,我国在税法体系中对征管协同只是做了原则性规定,缺乏详尽的理论支撑和法律约束,税种法与征管法的立法定位不清晰导致税收征收管理法与税种法制度衔接效度不强,更不用提及环境层面的法律困境。在具体操作中,强税务弱环保的现实造成的税收责任机关实力不均等,两个责任部门在征管中的话语权不相同,加之部门间责任使命的偏向性使得两部门在环保税征管上的理念上和行动中出现分歧;信息共享与传递平台的缺陷极易导致信息不对称,使得征管协同机制效率低下;税务人员的法律知识和专业技能不高,使得征管协同中部门对接难度颇高;地方政府支持力度孱弱,使得征管协同机制难以长期有效开展;征管协同机制不仅仅是权力的运行顺畅更是权力的相互制衡,但是目前仍缺乏相关监督机制。在坚持《环境保护税法》立法初衷的前提下,根据我国长期以来征收排污费代税的实际,本文从法律完善、配套保障、信息共享、部门联动、监督问责五方面入手,提出在程序法中应确立征管协同条款,明确权责,让立法定位清晰,和税种法相衔接;地方也应该按照实际需求进行税收保障法的制定,确保征管协同各方的利益实现;持续完善、优化信息共享平台,保证征管协同的效率;深化税务机关对环境保护税的认识,以促进与环保部门的有效联动;建立税收征管中的监管机制,让税收征管协同在法治范畴内通畅运行。以期实现《环境保护税法》征管机制的制度性优化和法治性规范,促进环保部门与税务部门、环境与经济的双赢局面。也为接下来全面推进资源税改革,尤其是水资源“费改税”的多部门征管协同机制打下良好的基础。