中国合资铁路近年来发展迅速，朝气蓬勃。所以不管是初期的建设，中期的经营治理等方方面面都积累了珍贵的经验。但随着铁路深化投融资体制改革，投资主体多元化的股份制铁路公司纷纷出现，合资铁路公司的股东之间的利益冲突越来越多，也越来越突出。中国合资铁路的特点明显，多采用由原铁道部现中国铁投为代表的国有资本控股，其余形式的资本参股的模式。国有股东拥有双重属性，一方面他要考虑企业的价值增值保值，另一方面还要兼顾铁路行业的公共特性。这种属性导致了他与非国有股东的根本目标不一致，而这种分歧是导致双方出现利益冲突的根源（冲突带来的结果必然是公司治理的问题加剧，以及企业价值的缩水）。在本文中，把利益冲突为出发点，创新性的从个体理性，激励相容性，责权利对等三个角度读对股东的利益冲突进行分析。并且通过对中外合资公司机制设计的理论依据和方法的探索，证实了从理论层面和制度层面研究协调利益冲突和加强公司治理是可行的，为后文合资铁路公司机制设计奠定了基础。本文联系中国合资铁路公司本身的特点，使用委托代理理论，公共选择理论构建股东利益协调模型，为机制设计的提出给出了模型依据。通过对合资铁路公司三类股东——国有控股资本方、地方政府铁路公司和民间资本以及金融投资机构的博弈分析，建议合资铁路公司可以从下面两个方面分析怎样保护股东，尤其是中小股东的权益。最重要的是制度机制，这是从外部环境的角度来分析的，例如政治体系、法律体系、经济体系等对小股东权益的保障。此外，政策机制也需要考虑，这是从企业微观层面，包括租金，章程，投资和融资决策以及股利分配制度。本文选题想法的来源是基于铁路系统实现政企分开的大背景下，以蒙西华中铁路为研究主体，针对合资铁路公司股权结构问题进行分析，结合博弈论知识针对合资铁路公司的股权冲突，构建公司治理模型，应有激励相容，委托代理等理论深刻分析合资铁路各个股东之间权责利的矛盾，保护中小股东的利益，加强合资铁路公司的管理效率和盈利水平。在此基础上，本文给出了协调股东之间利益冲突的两种思路，一是优化所有制结构，增加非国有股东的股权份额使其相互平衡;二就是在公司治理模式下，通过标准化，规范化国有股东的行为，减少对中小股东利益的损害。