环境保护税于2018年年初在我国首次实施,实现“费改税”的转变。然而各地区政府依据税目税额表推出的税额标准是否真的符合各地的经济发展与生态环境?考虑异质性因素的影响,本文选取2003-2017年中国最为发达的三大城市群数据构建各组群环境技术,基于共同边界模型测算各地区二氧化硫的边际减排成本,为环保税政策的优化提供有力参考。研究发现:京津冀、长三角和珠三角城市群非效率值在2003-2012年呈现阶梯上升的趋势且2013年达到峰值。按照潜在生产力水平,各城市群可分别实现8.19万吨、2.70万吨和1.73万吨的年均减排。边际减排成本上,2017年京津冀、长三角和珠三角城市群在共同边界下二氧化硫影子价格分别为12.23、12.26和11.49元/千克,而不同环境规制下的二氧化硫影子价格分别为7.70、15.91和15.17元/千克。环保税上,环境效率与边际减排成本越低施行的税额标准越高。总体上看,京津冀城市群施行了最为严格的税额标准,减排效果明显,符合环首都特性,长三角与珠三角城市群环境效率与边际减排成本较高但税额标准较低,未能形成有效减排约束。因此,各城市群应提高环境规制强度,加强城市群协同发展,充分发挥环保税财政功能,实现税收的转移支付。此外,还应依据各地区边际减排成本与经济承载力,构建有效的环保税收体系,实现经济发展与环境保护的双重红利。